一种确定保守恒定的肽基序的基于计算机的方法

摘要

本发明涉及一种新的、对几种生物体在基因组范围内进行比较的基于计算机的方法，所述的基于计算机的方法涉及建立来自几种生物体蛋白序列的肽文库，随后进行比较以识别保守恒定的肽基序，最后通过在不同的细菌生物体和宿主基因组之间进行直接序列比较确定出了几种恒定的肽基序，而不需要任何的事先假设。本方法可用于确定潜在的药物靶位，并可作为广谱抗菌素以及感染的特异性诊断的药物筛选，除此之外，还可在这些恒定肽基序特性的帮助下来指定仍然未知功能蛋白的功能。

主权项

1.一种基于计算机的、可用于确定药物靶位的恒定肽基序的方法，其中所述的方法包括下列步骤：i)用计算机从所选生物体的所有蛋白序列中建立重复肽文库，该序列可在http：//www.ncbi.nlm.nih.gov上获得，ii)用计算机根据单字母氨基酸代码，按字母顺序对从上面获得的长度为‘N’的肽分类，iii)用计算机匹配所选细菌的共有肽序列，iv)用计算机在原始蛋白中定位这些共有肽，随后用其来源和位置进行标记，v)用计算机结合这些重复共有肽以获得一个恒定肽序列的长链，vi)从晶体结构数据库中注释这些保守肽的二级结构，vii)比较致病菌株和非致病菌株的基因组，并选择在这两组中不共同保守的序列，以及viii)通过在宿主基因组中寻找指定的保守序列和排除宿主基因组中存在的保守序列，用计算机确认作为潜在药物靶位序列的恒定序列基序。