微生物操作分类单元确定和序列辅助分离

摘要

基于样品中微生物的系统发生信息基因的DNA序列定义样品中的微生物操作分类单元(OTU)的方法，其通过处理原始序列读出以获得合格序列片段，根据其各自的相对丰度值对其进行排序，并且仅使用具有高丰度值的合格序列获得暂定OTU来进行。重新划归具有低丰度的合格序列，并且只有当所述合格序列与OTU序列具有至少97％的序列相似性时才将所述合格序列分别分配到合适的暂定OTU。本发明还提供了序列辅助的微生物分离方法。

主权项

定义样品中的微生物操作分类单元(OTU)的方法，所述方法包括：1)获得样品，所述样品包含各自含有系统发生信息基因的微生物；2)使用基于PCR的高通量测序技术获得所述样品中所述微生物的所述系统发生信息基因的原始序列读出；3)处理所述原始序列读出以获得合格序列片段；4)获得每条所述合格序列的相对丰度值，其中所有合格序列的总相对丰度为100％；5)根据所述合格序列各自的相对丰度值对所有合格序列从高到低进行排序，并将所述合格序列分成高丰度组和低丰度组，其中所述高丰度组由丰度值高于所述低丰度组中合格序列的丰度值并且总体占总丰度约70％至80％的合格序列组成；所述低丰度组由占总丰度约20％至30％的剩余的合格序列组成；6)仅使用所述高丰度组中的合格序列划分所述样品中的OTU从而获得暂定OTU；以及7)重新划归所述低丰度组中的合格序列至所述暂定OTU，并且只有当所述合格序列与OTU序列具有至少90％的序列相似性时才将所述合格序列分别分配到合适的暂定OTU，从而实现对OTU的最终定义。