发明名称 一种染色体非整倍性检测方法及装置
摘要 一种染色体非整倍性检测方法及装置,其中方法包括:获取测试样本的测序结果在参考序列上的分布情况,即落在参考序列上划分的每个窗口中的读长序列的数目,其中测试样本包含来自目标个体的目标样本和来自正常个体的对照样本;进而计算每个目标样本在每个窗口中的偏差统计量;将目标样本的某个染色体上的偏差统计量的平均值与相应的偏差阈值进行比较,根据比较结果判断该染色体是否缺失或重复,其中偏差阈值按照全部正常个体在该染色体上的偏差统计量设置。
申请公布号 CN104520437B 申请公布日期 2016.09.14
申请号 CN201380004733.6 申请日期 2013.07.17
申请人 深圳华大基因股份有限公司 发明人 郑晶;张春雷;陈盛培;蒋浩君;谢伟伟;陈芳
分类号 C12Q1/68(2006.01)I 主分类号 C12Q1/68(2006.01)I
代理机构 深圳鼎合诚知识产权代理有限公司 44281 代理人 彭家恩;罗瑶
主权项 一种染色体非整倍性检测装置,其特征在于,包括:用于获取测试样本的测序结果在参考序列上的分布情况的模块,所述测试样本包含来自M个目标个体的目标样本和来自N个正常个体的对照样本,M和N为正整数,所述测序结果包括多个读长序列,所述参考序列上划分有多个窗口,所述分布情况表现为落在每个窗口中的读长序列的数目r(i,j),其中i为窗口的编号,j为测试样本的编号,i和j为正整数;所述窗口的划分方式选自:按照固定的窗口长度和固定的窗口间距划分窗口,按照每个窗口中包含的唯一比对序列数相同的方式划分窗口;所述固定的窗口长度为1kb~1Mb;和/或,所述固定的窗口间距为1kb~100kb;用于计算每个测试样本在每个窗口中的相对序列数R(i,j)的模块,其中R(i,j)=r(i,j)/rp(j),其中rp(j)为第j个样本的r(i,j)的平均值;用于计算每个目标样本在每个窗口中的偏差统计量Z(i,j)的模块,其中Z(i,j)=[R(i,j)‑mean(i)]/sd(i),其中mean(i)为第i个窗口中R(i,j)的平均值,sd(i)为第i个窗口中R(i,j)的标准差;用于将目标样本的第c号染色体上的Z(i,j)的平均值Zp(c,j)与第c号染色体的偏差阈值进行比较的模块,以及用于根据比较结果判断该目标样本的第c号染色体是否缺失或重复的模块,所述偏差阈值按照全部所述正常个体在第c号染色体上的偏差统计量设置。
地址 518000 广东省深圳市盐田区洪安三街21号华大综合园7栋7层-14层