一种对大菱鲆随机群体进行个体育种值评估的方法

摘要

本发明的目的是提供一种对大菱鲆随机群体进行个体育种值评估的方法，从而在没有物理系谱的条件下，推算出个体亲缘系数从而进行遗传参数评估。本发明无需记录谱系，而传统选育时，需对选育群体进行物理标记，记录谱系以评价个体间的遗传关系，这项工作耗费大量人力。本发明的方法可以直接利用分子对个体间遗传关系进行评价省去系谱记录环节。而且，本发明的方法对个体间的遗传关系评价更为准确。

主权项

一种对大菱鲆随机群体进行个体育种值评估的方法，其特征在于，所述的方法包括如下步骤：1)首先利用要检测的随机群体中来构建大菱鲆家系；2)个体表型数据采集和基因组DNA提取：对于所构建家系群体，在12月龄时，挑选体重排名靠前的个体，测量个体表型数据，同时在不影响个体生长的情况下提取DNA；3)微卫星位点基因分型；利用20个SSR位点进行SSR‑PCR扩增，20对引物正相序列5′端分别标记6‑FAM，HEX，TAMRA及ROX荧光标记；利用ABI3130型全自动基因分析仪进行20个位点的微卫星位点基因分型；4)数据处理计算将获得的SSR位点数据按照Coancestry软件的要求输入到软件中处理，得到分型个体两两之间的分子遗传相关度(r_XY)；再利用R‑project软件将得到的分子遗传相关度(r_XY)结果转化为遗传相关矩阵(Numerator Matrix)的形式；再利用R‑project软件中matrix程序包的nearPD函数将遗传相关矩阵进行正定(Bending)，使其特征值均大于零，正定后再用is.positive.definite函数验证，获得遗传相关矩阵；将正定过的遗传相关矩阵转化为ASReml软件认可的三列式“.grm”文件；将“.grm”文件连同表型数据文件(记录个体的编号、表型值、固定效应分组)一起输入到ASReml软件，使用AI‑REML算法，利用动物模型估计育种值；y＝Xb+Zu+e其中y为表型值向量，即研究群体内个体的表型数据；X和Z分别为b和u的设计矩阵，b,u和e分别为固定效应，随机效应及残差的向；按照混合方程组(如下)求解动物模型；$\left[\begin{array}{cc}{X}^{\prime }X& X^{\prime }Z\\ Z^{\prime }X& Z^{\prime }Z+A^{-1}\lambda \end{array}\right]\left[\begin{array}{c}\hat{b}\\ \hat{a}\end{array}\right]=\left[\begin{array}{c}{X}^{\prime }y\\ Z^{\prime }y\end{array}\right]$其中X’和Z’分别为X和Z矩阵的转置；A^‑1是A矩阵的逆矩阵，A矩阵为加性遗传矩阵，即“.grm”文件；和分别是固定效应和随机效应的估计值；