由多维测量分析聚合物

摘要

由采集自包含靶序列或互补序列的聚合物单元的序列的多个系列的测量估计聚合物单元的靶序列。每个测量依赖于k‑链节(k个聚合物单元)。模型将所述测量处理为k‑链节状态的观察值，包括关于连续k‑链节状态之间的转变的转变权重和所观察的不同测量的发射权重。基于所述模型对每个系列的应用推导多个系列测量之间估计的比对映射。通过应用所述模型，将每个模型的k‑链节状态的类型和这些测量处理为多维k‑链节状态和多维观察的维度产生聚合物单元的所述靶序列的估计。使用推导的比对映射约束通过所述多维k‑链节状态的路径，大大降低了所需的处理。

主权项

一种由采集自相同或不同聚合物中的聚合物单元的相应测量的序列的测量的多个系列产生聚合物单元的靶序列的估计的方法，其中所述相应测量的序列通过包括所述靶序列或具有与所述靶序列的预定关系的序列而对应于所述靶序列，每个测量依赖于k‑链节，是聚合物单元的相应序列的k个聚合物单元，其中k是整数，所述方法使用关于测量的每个系列的模型，其将所述测量处理为不同可能类型的k‑链节状态系列的观察，并且包括：关于在k‑链节状态的系列中的连续k‑链节状态之间的每个转变，所述k‑链节状态的可能类型之间的可能转变的转变权重；和关于每种类型的k‑链节状态，当所述k‑链节状态具有那种类型时所观察的不同测量的发射权重，所述方法包括：推导测量的多个系列之间的估计的比对映射；和由测量的多个系列通过以将每个模型的k‑链节状态的类型处理为多维k‑链节状态的维度并将每个系列的测量处理为这些多维k‑链节状态的多维观察，以及使用测量的多个系列之间的推导的比对映射约束通过所述多维k‑链节状态的路径的方式应用所述模型产生聚合物单元的靶序列的估计。