一种基于生物信息学获得双DNA限制性内切酶组合的方法

摘要

本发明涉及生物信息学，具体说是一种基于生物信息学获得双DNA限制性内切酶组合的方法。具体是根据限制性内切酶的酶切位点，设计双酶组合方案对目标物种参考基因组进行模拟酶切；对模拟酶切产生的片段范围为90bp‑750bp的片段进行分布分析；通过上述分析统计其在目标物种基因组上的分布情况，获得不同双酶组合的分布数值，高数值双酶组合即为最优的双酶组合。本发明方法的优点在于可以针对不同的实验目的，通过选用不同的双酶组合，达到不同的简化效率，有利于实验者在实验成本与测序数据量之间做出平衡，从而优化实验方案。

主权项

一种基于生物信息学获得双DNA限制性内切酶组合的方法，其特征在于以下步骤：步骤1)根据限制性内切酶的酶切位点，设计双酶组合方案对目标物种参考基因组进行模拟酶切；步骤2)对模拟酶切产生的片段范围为90bp‑750bp的片段进行分布分析；步骤3)通过上述分析统计其在目标物种基因组上的分布情况，获得不同双酶组合的分布数值，高数值双酶组合即为最优的双酶组合；所述步骤2)对模拟酶切产生的片段范围为90bp‑750bp的片段通过RestrictToolKit的生物信息学软件进行分布分析下述指标；指标为双酶切片段范围为90bp‑750bp的简化率、酶切片段大小的分布、双酶切片段范围为90bp‑750bp的片段占所有片段比率、双酶切片段范围为90bp‑750bp的片段在外显子区域的比率、双酶切片段范围为90bp‑750bp的片段在基因间区的比率和双酶切片段范围为90bp‑750bp的片段在unique区域的分布比率。