构建药物反应相关基因标准型别数据库的方法及其应用

摘要

本发明公开了一种药物反应相关基因的标准基因型数据库及其构建方法，先将突变信息对应的特定序列与人类全基因组标准序列进行比对，获得特定序列与人类全基因组标准序列的对应关系；然后根据该对应关系，将基因型转换成相对于人类全基因组标准序列的标准基因型。在此基础上，本发明公开了药物反应相关基因型，药物作用的检测方法。本发明的数据库为药物反应相关基因型提供统一标准，为临床用药提供了更精确的依据。基因分型和药物作用检测方法涵盖48个人类药物反应相关基因，可对其所有已知的突变位点及对应的药物信息进行多样本的同时检测。基因分型方法还可对未知的多态性位点进行检测，为研究发现新的影响药物反应的多态性位点奠定基础。

主权项

一种构建药物反应相关基因的基因标准型别数据库的方法，其特征在于，包括以下步骤：采用BLAST比对软件，定位药物反应相关基因于人类全基因组标准序列上，确定药物反应相关基因编码序列的起始位置和终止位置，获得药物反应相关基因的基因型别突变信息对应的特定序列；将所有药物反应相关基因的基因型别突变信息对应的特定序列与同一个人类全基因组标准序列进行比对，获得药物反应相关基因的特定序列与人类全基因组标准序列在每个碱基位置上的对应关系，所述人类全基因组标准序列为hg19；根据所述对应关系，将药物反应相关基因的基因型转换成以人类全基因组标准序列为标准的基因型，获得药物反应相关基因的标准化基因型别；其中，所述药物反应相关基因包括选自ABCB1、ABCG2、ADRB1、APC、ARG1、ASL、ASS1、BCHE、BRAF、CDKN2A、CPS1、CYP19A1、CYP1A2、CYP1B1、CYP2B6、CYP2C19、CYP2C9、CYP2D6、CYP2E1、CYP3A4、CYP3A5、CYP3A7、CYP4F2、DPYD、EGFR、EGR1、ERBB2、F2、F5、G6PD、GSTA1、HLA‑B、KIT、KRAS、MTHFR、NAGS、NAT1、NAT2、NRAS、OTC、RNR1、SLCO1B1、SULT1A1、TPMT、TYMS、UGT1A1、VKORC1、XRCC1基因的至少一种；所述药物反应相关基因的基因型别突变信息对应的特定序列包含药物反应相关基因的编码序列的起始位置上游5000bp至编码序列终止位置下游的500bp区域。