一种统计计算固有无序蛋白多态结构的方法

摘要

本发明涉及一种统计计算固有无序蛋白多态结构的方法，属于蛋白质非平衡动力学与多态结构研究领域。通过对固有无序蛋白进行上千次的折叠或非平衡动力学模拟，统计分析获得固有无序蛋白的结构图景、聚类和特性为主的重要信息，步骤为：1获取蛋白质实验结构；2计算中心碳原子链接形成的键角和扭转角；3构建蛋白质拟合模型；4模拟细胞环境变化导致固有无序蛋白的构型变化过程；5对蛋白质进行千次以上加热‑冷却模拟循环，确定具有多态结构的低温值和高温值；6获得提纯的末态构型数据组；7归纳和分析固有无序蛋白的结构聚类；8可视化固有无序蛋白结构聚类的特征构型。本发明解决了传统理论及实验方法难以同时捕捉固有无序蛋白多态结构的难题。

主权项

一种统计计算固有无序蛋白多态结构的方法，其特征在于：通过对固有无序蛋白进行上千次的折叠或非平衡动力学模拟，统计分析获得固有无序蛋白的结构图景、聚类和特性为主的重要信息；为实现上述目的，一种统计计算固有无序蛋白多态结构的方法，步骤如下：步骤(1)：获取蛋白质实验结构；步骤(2)：采用步骤(1)的蛋白质实验结构中心碳原子坐标数据，计算中心碳原子链接形成的键角和扭转角；步骤(3)：构建蛋白质拟合模型；步骤(4)：模拟细胞环境变化导致固有无序蛋白的构型变化过程；步骤(5)：基于步骤(3)的拟合结构，重复步骤(4)对蛋白质进行千次以上的加热‑冷却模拟，称为加热‑冷却模拟循环，确定具有多态结构的低温值和高温值；步骤(6)：提纯步骤(5)加热‑冷却模拟循环后的蛋白质结构，获得提纯的末态构型数据组；步骤(7)：由步骤(6)提纯的末态构型数据组，归纳和分析固有无序蛋白的结构聚类；步骤(8)：可视化固有无序蛋白结构聚类的特征构型；至此，从步骤(1)到步骤(8)，完成了一种统计计算固有无序蛋白多态结构的方法。