一种统计分析蛋白质肽键的顺式和反式结构的方法

摘要

一种统计分析蛋白质肽键的顺式和反式结构的方法，属于蛋白质结构分析、结构预测和顺式与反式构型异构研究领域。主要特点为：采用蛋白质肽平面碳、氮、氧原子建立坐标标架，计算待考察原子在单位球面上中的经纬度角，并将所有待考察原子投影到这个单位球面上，得到待考察原子的三维统计分布图；这是一种直观地、可视化的蛋白质结构分析方法，能有效地展现肽键的顺式和反式结构中的差异，揭示肽键的顺式和反式结构中原子的分布特征。比现有的基于结构化学的方法更新颖；可分析任意侧链原子的结构特性；能够直观地能够展现蛋白质中某种原子或某类原子的几何结构特性；对蛋白质结构预测、结构优化、结构约束、顺式和反式结构异构化分析具有重要意义。

主权项

一种统计分析蛋白质肽键的顺式和反式结构的方法，主要特点为：采用蛋白质肽平面碳、氮、氧原子建立坐标标架，计算待考察原子在单位球面上中的经纬度角，并将所有待考察原子投影到这个单位球面上，得到待考察原子的三维统计分布图；这是一种直观地、可视化的蛋白质结构分析方法，能有效地展现肽键的顺式和反式结构中的差异，揭示肽键的顺式和反式结构中原子的分布特征，其特征在于：包括如下步骤：步骤(1)：获取蛋白质实验结构，建立蛋白质结构数据库；步骤(2)：建立碳氮氧坐标标架，即CNO坐标标架；步骤(3)：确定待考察原子在CNO坐标标架中的坐标；步骤(4)：根据CNO坐标标架建立单位球面，计算待考察原子在单位球面中的经纬度角；步骤(5)：将步骤(1)建立的蛋白质结构数据库的蛋白质实验结构中所有顺式和反式结构的待考察原子投影到单位球面上，得到顺式和反式结构中待考察原子的分布；至此，从步骤(1)到步骤(5)，完成了一种统计分析蛋白质肽键的顺式和反式结构的方法。