Supresión de amplificación no específica

摘要

Un método para diseñar un oligonucleótido supresor para su uso en una reacción de amplificación de ácido nucleico para reducir la amplificación no específica, comprendiendo el método (a) identificar una o más regiones de interés en el genoma de un organismo diana; (b) para cada región de interés, realizar una búsqueda de la secuencia de genoma diana usando la región de interés como una consulta para identificar regiones de homología entre la región de interés y el genoma diana; (c) seleccionar secciones de la región de interés que tienen las mayores regiones de homología en el genoma diana; (d) diseñar uno o más oligonucleótidos en las secciones seleccionadas en la etapa (c); (e) realizar una búsqueda del genoma diana con los oligonucleótidos diseñados en la etapa (d) para identificar los oligonucleótidos con el número máximo de regiones de homología con el genoma diana que son de al menos 15 pares de longitud, tienen al menos 75 % de identidad con dicho número de regiones de homología y que abarcan el extremo 3' del oligonucleótido supresor mientras que no están presentes más de 2 desapareamientos a una distancia de 4 nucleótidos de la región 3' terminal del oligonucleótido y que no tienen regiones de complementariedad con la secuencia diana que se va a amplificar en la reacción de amplificación; (f) seleccionar el oligonucleótido identificado en la etapa (e) como el oligonucleótido supresor.