双向多步De Bruijn图的自环双向边识别与去除方法

摘要

本发明公开一种双向多步De Bruijn图的自环双向边识别与去除方法，包括步骤，S1、读取测序数据源文件，并构造双向多步De Bruijn图；S2、设定所述双向多步De Bruijn图中的每个顶点u的数据结构，对所述双向多步De Bruijn图自环双向边的识别；S3、对所述双向多步De Bruijn图自环双向边的去除。本发明技术效果包括（1）面向多步双向De Bruijn图；（2）根据自环双向边的目标节点以及自环双向边的目标节点方向来识别区分自环双向边；（3）根据自环双向边的目标节点方向，采取不同的自环双向边的去除方法；（4）可以有效的发现错误的双向边，而且避免对正确的双向边的破坏，从而提高contigs的长度，更重要的是能够同步提高contig的质量。

主权项

一种双向多步De Bruijn图的自环双向边识别与去除方法，其特征在于，包括步骤，S1、读取测序数据源文件，并构造双向多步De Bruijn图；S2、设定所述双向多步De Bruijn图中的每个顶点u的数据结构，对所述双向多步De Bruijn图自环双向边的识别；S3、对所述双向多步De Bruijn图自环双向边的去除；所述自环双向边的识别包括，S21、遍历所述双向多步De Bruijn图中的每个顶点u；S22、统计所述顶点u中指向所述顶点u的边；S23、判断所述顶点u是否存在指向所述顶点u的边，是则执行步骤S21；否则判断所述顶点u是否只有一条边或者两条边指向所述顶点u，是则执行步骤S24；否则执行步骤S21；S24、判断两条自环边指向所述顶点u的方向是否不同，是则，所述自环边无法处理，执行步骤S21；否则执行步骤S25；S25、如果所述顶点u的出度减去所述顶点u的自环边的个数deg等于1或者2，且两个非自环边的下标一个小于4、另一个大于3,则标记所述顶点u为一可扩展的自环顶点，执行步骤S21。