目标基因片段的富集和检测方法

摘要

本发明提供了一种富集目标基因片段的方法，所述方法包括以下步骤：1)获得包含目标基因的部分或全长的DNA样本库；2)获得能够与目标基因杂交的DNA探针库：3)使所述DNA探针库与所述DNA样本库进行杂交；和4)分离步骤3)的杂交产物，然后释放经杂交富集的目标基因片段。基于此，本发明还提供了一种检测目标基因的基因结构突变的方法，所述方法包括以下步骤：1)根据本发明的方法富集目标基因片段；和2)检测所述目标基因的结构突变。采用本发明的方法富集到的目标基因片段可以用于下一代测序技术以进行基因结构突变的检测，包括单碱基突变、mRNA缺失或增多、mRNA结构颠换、mRNA剪接变化。

主权项

一种富集目标基因片段的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：1)获得受试者的DNA样本库；其中，所述步骤1)中的DNA样本库由双链DNA片段组成，并且，所述步骤1)包括：1‑1)提取受试者的全基因组DNA，然后将其片段化；或者1‑2)提取受试者的mRNA，将其片段化，然后以该经片段化的mRNA为模板合成双链cDNA；其中，所述受试者为哺乳动物，且从受试者的细胞样本中提取全基因组DNA或mRNA；并且所述DNA片段的长度为150‑200bp；2)获得能够与目标基因杂交的DNA探针库；其中，所述步骤2)中的DNA探针库包含多个DNA探针，所述DNA探针通过如下方式获得：2‑1)将目标基因的DNA序列及其两侧的侧翼序列作为目标区域，设计多个能够与目标区域杂交的DNA探针，以2倍重叠覆盖所述目标区域，并且将所述DNA探针的长度限定为120个碱基；2‑2)在步骤2‑1)获得的DNA探针中，选择退火温度为90‑100摄氏度、GC成分为40‑60％并且连续单基数量少于4个的DNA探针；以及2‑3)进一步筛选所述DNA探针，使所述目标基因的每个外显子具有至少一个DNA探针；3)使所述DNA探针库与所述DNA样本库进行杂交；和4)分离步骤3)的杂交产物，然后释放经杂交富集的目标基因片段。