特异捕获并重复复制低频率DNA碱基变异的方法及应用

摘要

本发明公开了一种特异捕获并重复复制低频率DNA碱基变异的方法，属于分子诊断领域其步骤包括：（1）对DNA进行热变性，然后用具有热力学动态结构的引物混合物对目标DNA进行杂交，然后重复复制；（2）利用与测定目标3´端匹配的寡聚核苷酸对重复复制的次生DNA片段进行特异性延伸、加尾，并在其3´端引入一段共同序列；（3）构建测序文库；（4）生成多个测序读值；（5）鉴定测序读值与参考序列之间的序列差异；（6）判定是否为序列变体；本发明可对于低频率DNA碱基变异的检测灵敏度可以达到0.01%，对在正常序列背景中可能含有少量变异序列的样品中的低频率核酸变异的鉴定和阐明，以及对在测序错误背景下的低频变异的鉴定有极大的帮助。

主权项

一种特异捕获并重复复制低频率DNA碱基变异的方法，其特征在于，包括以下步骤：（1）对DNA进行热变性，然后用具有热力学动态结构的引物混合物对目标DNA进行杂交，用DNA聚合酶以目标DNA为模板进行延伸复制，重复上述变性和杂交过程，完成对模板的重复复制；（2）利用与测定目标 3端匹配的寡聚核苷酸对重复复制出的次生DNA片段进行特异性延伸、加尾，并在其次生产物的3端引入一段共同序列；（3）用含有测序条码的引物进行PCR扩增，完成测序文库的构建；（4）对测序文库进行高通量平行测序以生成多个测序读值；（5）鉴定测序读值与参考序列之间的序列差异；（6）将从所述的核酸样品获得的多个读值中以0.01％或更高的频率发生的序列差异判定为序列变体。