鉴定病毒的方法和装置

摘要

本发明公开了一种鉴定病毒的方法，该方法包括：获取待测样本的RNA测序数据；对测序数据的第一部分进行组装，获得组装序列；将测序数据的第一部分与组装序列进行比对，获得比对结果；基于比对结果，确定组装序列上的突变位点，以及确定各组装序列的(a)‑(c)中的至少之一：(a)平均熵值和中位数熵值至少之一，以及突变位点比例，(b)平均突变率和中位数突变率至少之一，以及突变位点比例，(c)突变位点比例；将组装序列的(a)‑(c)至少之一和与其对应的界限比较，判定落入界限的组装序列来自病毒。本发明还公开一种鉴定病毒的装置。利用本发明的方法和/或装置鉴定病毒，能够不依赖同源序列比对来准确预测未知序列是否为病毒序列。

主权项

一种病毒鉴定方法，其特征在于，包括，获取待测样本的RNA测序数据，所述测序数据包括多个读段；对所述测序数据的第一部分进行组装，获得组装序列，所述测序数据的第一部分包括不能比对上ncRNA参考序列的读段；将所述测序数据的第一部分与所述组装序列进行比对，获得比对结果；基于所述比对结果，确定所述组装序列上的突变位点，所述突变位点包括SNV，以及确定各条组装序列的(a)‑(c)中的至少之一，(a)平均熵值和中位数熵值至少之一，以及突变位点比例，(b)平均突变率和中位数突变率至少之一，以及突变位点比例，(c)突变位点比例，一条组装序列的平均熵值为其上的SNV的熵值的平均值，一条组装序列的中位数熵值为其上的SNV的熵值的中位数，一条组装序列的平均突变率为其上的SNV的突变率的平均值，一条组装序列的中位数突变率为其上的SNV的突变率的中位数，一条组装序列的突变位点比例为其上的SNV的数目所占的比例，SNV的熵值＝‑100*∑(Pi*logPi)，Pi为该SNV的各种碱基的深度，SNV的突变率＝支持该SNV的读段数目/比对上该SNV的读段数目，将所述确定的组装序列的(a)‑(c)至少之一和与其对应的界限比较，判定落入所述界限的组装序列来自病毒。