紫色疣石磺微卫星标记及筛选方法

摘要

本发明公开了一种紫色疣石磺微卫星标记及筛选方法；包括：构建紫色疣石磺转录组测序文库，进行Illumina HiseqTM2000双末端测序；基于测序获得的序列，经MISA对微卫星位点进行分析、筛选；利用SSRHunter1.3进行再次筛选，保证序列的前后侧翼有足够的长度用于设计引物；使用SSR引物对紫色疣石磺群体的基因组DNA进行PCR扩增；聚丙烯酰胺凝胶电泳检测扩增产物，根据扩增产物的不同迁移距离确定每个位点在进行群体检测时的基因型。共获得7个多态性的微卫星标记，从而获得紫色疣石磺遗传变异的多态性图谱，本发明简单、快捷、结果真实可靠，开发的SSR标记可用于紫色疣石磺群体遗传学和石磺科贝类间的系统发生研究。

主权项

一种紫色疣石磺微卫星标记及筛选方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：S1、构建紫色疣石磺转录组测序文库，进行Illumina HiseqTM2000双末端测序；S2、基于所述测序获得的序列，经MISA对微卫星位点进行分析、筛选；S3、利用SSRHunter1.3对经MISA筛选过的含有微卫星位点的序列进行再次筛选，保证序列的前后侧翼有足够的长度用于设计引物；S4、SSR引物设计与合成；S5、使用SSR引物对紫色疣石磺群体的基因组DNA进行PCR扩增；S6、使用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测扩增产物，根据扩增产物的不同迁移距离确定每个微卫星位点在进行群体检测时的基因型；根据结果，使用Cervus3.0软件计算每个微卫星位点的等位基因数、观测杂合度、期望杂合度和多态性信息含量，使用Genepop4.2进行每个位点的Hardy‑Weinberg平衡的检测。