用于确定性染色体中的拷贝数变异的方法

摘要

本发明提供使用包含母体和胎儿无细胞DNA的母体样品来确定Y染色体的拷贝数的方法，包括但不限于胎儿的性别确定或Y染色体非整倍性的方法。本发明公开的一些实施方案描述了使用女性样品的代表性训练集在染色体Y上过滤掉(或掩蔽)非辨别序列读数的一种策略。在一些实施方案中，这种过滤策略也适用于过滤常染色体以评估在常染色体上的序列的拷贝数变异。在一些实施方案中，提供了用于确定任何胎儿非整倍性的拷贝数变异(CNV)及已知或怀疑与多种医学病症相关的CNV的方法。还公开了用于评估在Y染色体和其他染色体上感兴趣的序列的CNV的系统。

主权项

用于评估试验样品中的Y染色体的拷贝数方法，其在包括一个或多个处理器和系统存储器的计算机系统上实现，，该方法包括：在计算机系统上提供包含由第一组多个女性个体的核酸样品所测得的基因组读数的训练集；通过计算机系统将该训练集的每个个体至少约100,000个基因组读数与包含Y‑染色体的参考序列的参考基因组进行比对，从而提供包含被比对的基因组读数和它们在Y染色体的参考序列上的位置的训练序列标签；通过计算机系统将Y染色体的参考序列划分成多个单元；通过计算机系统确定定位于各单元中的训练序列标签的计数；通过计算机系统掩蔽超过掩蔽阈值的单元，所述掩蔽阈值基于各单元中的训练序列标签的计数，从而提供Y染色体的被掩蔽的参考序列用于评估试验样品中的Y染色体的拷贝数。