一种推断寡核苷酸在基因组上结合位点的方法和系统

摘要

本发明提供一种推断寡核苷酸在基因组上结合位点的方法和系统。所述方法通过构建任意7-mer寡核苷酸的热力学信息的索引表，利用所述索引表获取待推断寡核苷酸在热力学上稳定的结合序列，并在基因组上定位该结合序列的位置，能高效地实现对待推断寡核苷酸结合位点的推断，进而为判断该寡核苷酸是否为针对该基因组中目标序列的高质量寡核苷酸提供依据。本发明还提供了一种推断寡核苷酸在基因组上结合位点的系统。该系统利用上述方法能高效地从热力学性质上反映寡核苷酸与基因组中目标序列结合的真实情况，能为待推断寡核苷酸质量判断提供准确依据。

主权项

一种推断寡核苷酸在基因组上结合位点的方法，其特征在于，包括：构建任意7‑mer寡核苷酸的热力学信息的索引表，所述热力学信息为所述寡核苷酸与其所有结合序列两两杂交的信息，包括杂交结构、杂交序列、焓、熵以及自由能；利用所述索引表获取待推断寡核苷酸的热力学信息，并在获得的热力学信息基础上确定在热力学上稳定的结合序列；在基因组上寻找所述结合序列，并定位其在基因组上的位置。