一种开放式蛋白质鉴定的分布式加速方法及其系统

摘要

本发明公开了一种开放式蛋白质鉴定的分布式加速方法及其系统，其中开放式蛋白质鉴定的分布式加速系统包括：蛋白库索引建立模块、谱图数据准备模块、查询打分模块、结果汇总输出模块。本发明提供的一种开放式蛋白质鉴定的分布式加速方法和系统，能有效利用集群资源，允许用户在蛋白质大库下不指定酶切和修饰的类型，或指定其中的任意类型进行蛋白质鉴定，有效的提高了蛋白质谱鉴定速度和解析率。

主权项

一种开放式蛋白质鉴定的分布式加速方法，其特征在于，包括：步骤1，根据蛋白质序列数据库分批创建肽段索引，并将所述肽段索引分块存入磁盘持久化；步骤2，输入欲鉴定的蛋白质谱图数据，将所述的蛋白质谱图数据多线程生成查询集合，并预存所述肽段索引到内存储器里；步骤3，对所述查询集合在所述肽段索引上进行分块检索，初选潜在匹配的肽序列，并将检索结果暂存于内存储器里，对所述检索结果考虑修饰类型生成候选肽段并打分，对应每张谱图得到肽序列集合，每检索一块肽段索引，更新一次肽序列集合，直到所有分块检索处理完成；步骤4，汇总所述肽序列集合，得出每张谱图对应的候选肽序列，并进行肽段到蛋白质的推断，生成鉴定结果存入所述磁盘。