对转基因边界的高通量分析

摘要

本发明是鉴定在已知DNA序列侧翼的未知DNA序列的方法。本发明改善了测定在已知DNA序列侧翼的未知DNA序列的准确性、灵敏性、和再现性。此要求保护的方法可以作为高通量方法配置以快速且有效鉴定在转基因侧翼的植物基因组染色体序列。可以使用对这些未知序列的进一步分析来表征转基因插入位点，从而鉴定源自转基因整合的重排、插入和缺失。另外，可以使用对染色体侧翼序列的分析来鉴定转基因在染色体上的位置。

主权项

一种用于在分离的DNA中寻找与已知的多核苷酸序列相邻的未知多核苷酸序列的方法，其包括：a)用一种或多种合适的限制酶消化含有部分或整个的所述已知多核苷酸序列和相邻的未知多核苷酸序列的所述分离的DNA以生成多个经消化的多核苷酸限制性片段；b)使用寡核苷酸引物序列合成所述经消化的多核苷酸限制性片段的互补链，所述寡核苷酸引物序列具有与所述寡核苷酸引物序列的5’端结合的附接化学；c)通过将所述附接化学与合适的分离基质结合，然后使所述互补链变性从所述经消化的多核苷酸限制性片段分离所述互补链；d)将包含SEQ ID NO:2的单链衔接头与结合到所述分离基质的分离的互补链连接以生成连接的分离的互补链；e)使用第一PCR引物和第二PCR引物对所述连接的分离的互补链实施第一PCR扩增以生成第一PCR扩增子，所述第一PCR引物设计为结合已知的多核苷酸序列，所述第二PCR引物设计为结合所述单链衔接头；f)对所述第一PCR扩增子实施第二PCR扩增以生成第二PCR扩增子，其中所述第二PCR扩增扩增所述第一PCR扩增子的内部序列；并g)对所述第二PCR扩增子测序以确认所述未知多核苷酸序列的序列。