一种检测海洋环境中γ-变形菌群落的基因芯片

摘要

本发明提供一种检测海洋环境γ-变形菌群落的基因芯片，即可平行、快速、高通量的检测海洋环境γ-变形菌群落，使基因芯片技术更好的应用于海洋环境监测。本发明芯片所使用的探针可以快速、高通量地对海水中的γ-变形菌群落进行检测，最大可以检测31个科的γ-变形菌信息，从而为海洋环境细菌群落的监测提供了有力的技术支持，为建立、健全近岸海域海洋环境质量综合评价体系奠定了坚实的基础。

主权项

一种检测海洋环境γ‑变形菌群落的基因芯片，其特征在于，所述的基因芯片包含有芯片载体，以及固定在芯片载体上，用于检测海水中的Aeromonadaceae菌、Alcanivoracaceae菌、Alteromonadaceae菌、Chromatiaceae菌、Colwelliaceae菌、Coxiellaceae菌、Ectothiorhodospiraceae菌、Enterobacteriaceae菌、Thiotrichaceae菌、Xanthomonadaceae菌、Hahellaceae菌、Halomonadaceae菌、Idiomarinaceae菌、Legionellaceae菌、Litoricolaceae菌、Oceanospirillaceae菌、Zooshikella菌、Vibrionaceae菌、Moraxellaceae菌、Thiotrichales_incertae_sedis菌、Pasteurellaceae菌、Piscirickettsiaceae菌、Pseudoalteromonadaceae菌、Pseudomonadaceae菌、Psychromonadaceae菌、Salinisphaeraceae菌、Shewanellaceae菌、Sinobacteraceae菌、Ferrimonadaceae菌、Francisellaceae菌、Methylococcaceae菌的探针；其中用于检测Aeromonadaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:1‑3中的任一种或几种；用于检测Alcanivoracaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:4‑6中的任一种或几种；用于检测Alteromonadaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:7‑9中的任一种或几种；用于检测Chromatiaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:10‑12中的任一种或几种；用于检测Colwelliaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:13‑15中的任一种或几种；用于检测Coxiellaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:16‑18中的任一种或几种；用于检测Ectothiorhodospiraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:19‑21中的任一种或几种；用于检测Enterobacteriaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:22‑24中的任一种或几种；用于检测Thiotrichaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:25‑27中的任一种或几种；用于检测Xanthomonadaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:28‑30中的任一种或几种；用于检测Hahellaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:31‑33中的任一种或几种；用于检测Halomonadaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:34‑36中的任一种或几种；用于检测Idiomarinaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:37‑38中的任一种或几种；用于检测Legionellaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:39‑41中的任一种或几种；用于检测Litoricolaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:42‑44中的任一种或几种；检测Oceanospirillaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:45‑47中的任一种或几种；用于检测Zooshikella菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:48‑50中的任一种或几种；用于检测Vibrionaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:51；用于检测Moraxellaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:52‑54中的任一种或几种；用于检测Thiotrichales_incertae_sedis菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:55‑57中的任一种或几种；用于检测Pasteurellaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:58‑60中的任一种或几种；用于检测Piscirickettsiaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:61‑63中的任一种或几种；用于检测Pseudoalteromonadaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:64‑66中的任一种或几种；用于检测Pseudomonadaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:67‑69中的任一种或几种；用于检测Psychromonadaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:70‑72中的任一种或几种；用于检测Salinisphaeraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:73‑75中的任一种或几种；用于检测Shewanellaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:76‑78中的任一种或几种；用于检测Sinobacteraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:79‑81中的任一种或几种；用于检测Ferrimonadaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:82‑84中的任一种或几种；用于检测Francisellaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:85‑87中的任一种或几种；用于检测Methylococcaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:88‑89中的任一种或几种。