经由剪刀状结构的DNA扩增(DASL)

摘要

提供了通过具有链置换活性的聚合酶扩增目标核酸的方法和系统，其使用两种或更多种茎环状引物，每种茎环状引物具有3’末端部分和5’末端部分，所述3’末端部分包括与目标核酸的目标同源性位点互补的序列，所述5’末端部分具有包括茎序列，环序列和与所述茎序列反向互补的序列的序列，所述5’末端部分能够形成茎环。这种方法和系统可以用于通过具有链置换活性的聚合酶等温地扩增目标核酸。

主权项

一种扩增核酸的方法，其包括：(a)提供第一模板，所述第一模板具有：(i)3’茎环，所述3’茎环由位于3’末端的第一区和彼此退火形成第一茎的第一互补区，和连接所述位于3’末端的第一区和所述第一互补区的第一环区形成；(ii)5’末端茎环，所述5’末端茎环由位于5’末端的第二区和彼此退火形成第二茎的第二互补区，和连接所述位于5’末端的第二区和所述第二互补区的第二环区形成；和(iii)连接3’末端茎环和所述5’末端茎环的单链目标序列，所述目标序列具有在目标序列的3’末端处的第一同源性位点，在目标序列的5’末端处的第二同源性位点，和任选地，在第一同源性位点和第二同源性位点之间的连接区；(b)提供两种或更多种茎环状引物，具有链置换活性的聚合酶和反应缓冲液；其中，第一茎环状引物具有：(ⅰ)5’末端茎环，所述5’末端茎环由位于5’末端的第三区和彼此退火形成第三茎的第三互补区，和连接所述位于5’末端的第三区和所述第三互补区的第三环区形成；和(ii)与第一同源性位点互补的在3’末端处的核苷酸序列；并且其中第二茎环状引物具有：(ⅰ)5’末端茎环，所述5’末端茎环由位于5’末端的第四区和彼此退火形成第四茎的第四互补区，和连接所述位于5’末端的第四区和所述第四互补区的第四环区形成；和(ii)与互补于第二同源性位点的序列互补的在3’末端处的核苷酸序列；(c)使第一茎环状引物与第一模板上的第一同源性位点退火结合；(d)通过具有链置换活性的聚合酶沿着第一模板延伸第一茎环状引物以形成第二模板，所述第二模板具有：(ⅰ)与第一同源性位点互补的第三同源性位点；和(ii)与第二同源性位点互补的第四同源性位点；(e)通过具有链置换活性的聚合酶延伸第一模板的3’末端，从而从第一模板移置第二模板；(f)使第二茎环状引物与第二模板上的第四同源性位点退火结合；(g)通过具有链置换活性的聚合酶沿着第二模板延伸第二茎环状引物以形成第三模板；(h)通过具有链置换活性的聚合酶延伸第二模板的3’末端，从而从第二模板移置第三模板；和(ⅰ)使用第三模板作为步骤(c)中的第一模板重复步骤(c)至(h)，从而扩增所述核酸。