一种环境微生物基因组草图的构建方法

摘要

本发明公开了一种基于微量细胞全基因组测序的环境微生物基因组草图的构建方法，通过对多个环境微生物微小宏基因组样本分别进行核酸分离，扩增，构建高通测序文库，然后对测序数据进行过滤、从头组装、开放阅读框预测，使用基于隐马尔科夫模型的算法将序列分类，获得微生物基因组草图。该方法根据环境样本微生物群落的复杂度调整平行试验的次数，以获得最优的分析结果，可应用于土壤、空气、水体、人体等各种环境的微生物群落研究。

主权项

一种环境微生物基因组草图的构建方法，包括以下步骤：1)采集环境微生物样品，根据下述公式1确定单次测序平行实验所需的细胞数N及平行实验的次数X：公式1：$C_X^0{p}^0{q}^X+C_X^1{p}^1{q}^{X-1}+C_X^2{p}^2{q}^{X-2}+C_X^3{p}^3{q}^{X-3}+C_X^4{p}^4{q}^{X-4}\le 0.05$其中，p＝1‑(1‑α)^N，q＝(1‑α)^N，α为某物种在样品中的相对丰度的预估值；2)采用多重置换扩增技术对微生物样品进行全基因组扩增测序，共进行X次平行实验，每次实验使用的细胞数为N；3)对测序数据进行分析：首先构建微生物群落非冗余基因集；然后将非冗余基因集中的基因序列与微生物基因组数据库进行比对，判定其中的已知微生物种类；最后通过contig聚类获得微生物基因组草图。