基于主成分分析与Fish判别法快速鉴别临床致病菌的方法

摘要

本发明公开了一种快速鉴别临床常见致病菌（如金黄色葡萄球菌、沙门氏菌、大肠埃希氏菌）的方法。具体包括以下步骤：(1)采集金黄色葡萄球菌、沙门氏菌、大肠埃希氏菌样本的近红外光谱图；(2)对金黄色葡萄球菌、沙门氏菌、大肠埃希氏菌样本的近红外光谱进行PCA降维处理；(3)建立Fisher判别函数进行分类。发明所采取的主成分分析法结合Fisher判别引入到鉴别常见的致病菌，不仅能够快速鉴别出致病菌的种类，并且具有高精度、操作简单等优点，在后续的临床菌种鉴别工作中有重大贡献，具有良好的应用前景。

主权项

一种基于主成分分析与Fish判别法快速鉴别临床致病菌的方法，其特征在于：包括以下步骤:步骤S1：培养临床致病菌样本；步骤S2：将样本进行近红外光谱扫描，采集这三种细菌的近红外光谱，并剔除异常的样本数据；步骤S3：选取4003.497~12396.18 cm^‑1特征波段下的光谱信息，运用多元散射校正MSC进行对光谱信息进行处理；步骤S4：将处理后的光谱数据利用主成分分析法PCA法进行数据的降维处理，在满足累计可信度为>98 %条件下选取主成分个数；步骤S5：经过主成分分析方法后选取相应的主成分后，建立起Fisher判别函数，建立对应的三种细菌的鉴别模型，得到判别函数；步骤S6：经过Fisher判别分析后，通过特征值和其方差的贡献率来选取出需要的判别函数的个数；步骤S7：各个种类的细菌在经过主成分分析后的数据，在选取出来的判别函数中，得到在各个判别函数降维后的每种种类的中心值；步骤S8：通过判别未知的菌类距离每种菌类的中心值来鉴别其类别。