利用克隆型谱监测健康和疾病状态

摘要

需要改进的用于明确患有病状的患者的诊断和预后的方法，尤其是针对自身免疫性疾病和癌症，特别是淋巴肿瘤，如淋巴瘤和白血病。本文提供了利用DNA测序鉴定淋巴肿瘤、自身免疫性疾病和其他病状患者中的个性化或患者特异性生物标记物的方法。鉴定的生物标记物可以用来确定和/或监测患有相关淋巴病状或自身免疫性疾病或其他病状的受试者的疾病状态。特别是，本发明提供了用于监测经历克隆进化的淋巴肿瘤的灵敏方法，而不需要针对作为患者特异性生物标记物的进化的或突变的克隆开发替代试验。

主权项

一种评估淋巴细胞群中B细胞受体或T细胞受体重排的水平的非诊断性方法，所述方法包括以下步骤：鉴定所述淋巴细胞群中的亲本克隆型；确定包括T细胞和/或B细胞的外周血细胞样品的克隆型谱，所述确定包括以下步骤：从所述样品扩增来自所述T细胞和/或B细胞的核酸分子，所述核酸分子含有来自T细胞受体基因和/或免疫球蛋白基因的重组DNA序列；以及对所扩增的核酸分子进行测序，其中所述测序包括每运行一次产生至少10,000次序列阅读，并且其中所述克隆型谱包括至少10⁴个克隆型；和从所述克隆型谱确定所述亲本克隆型及其系统发生克隆型的水平，其中该系统发生克隆型包括：(i)与所述亲本克隆型至少90％相同的克隆型；(ii)通过体细胞超突变与所述亲本克隆型相关的克隆型；或(iii)通过体细胞重排与所述亲本克隆型相关的克隆型。