一种基于核小体脱氧核糖核酸模版的核小体预测方法

摘要

一种基于核小体脱氧核糖核酸模版的核小体预测方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1获取待预测DNA序列，长度为T，计算待预测DNA序列弯曲度信号Signal。步骤2建立核小体DNA模版信号P，P的长度为147bp，两端区域宽为50bp，高为0.07，中间区域宽为47bp，高为0.05，卷积P和Signal得到信号S_covn，从S_covn中部取出长为T-10的信号S_covn_keep。步骤3计算S_covn_keep的连续小波变换W(a,b)，母函数为墨西哥帽函数；尺度范围为[2,8]。计算|W(a,b)|的最大值M_W(b)。M_W(b)中的峰即为核小体的二分点位置。

主权项

一种基于核小体脱氧核糖核酸模版的核小体预测方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1获取待预测的DNA序列，长度为T，并利用计算待预测的DNA序列弯曲度信号Signal，其中，C的模代表弯曲度，ν⁰＝10.4bp，是DNA双螺旋一个周期的碱基对平均数目，n₁和n₂代表加和范围的起始和终止位置，i为复数单位，ρ和τ是16种二联核苷酸在空间弯曲的幅度，ρ为在平面旋转的幅度，τ为扭曲的幅度，步骤2建立核小体DNA模板信号P，所述的模板信号为一条147bp长的数字信号，该模板信号两端区域宽度为50bp，高度为0.07，中间区域的宽度为47bp，高度为0.05，卷积弯曲度信号和模板信号得到卷积信号：给定模板信号P和弯曲度信号Signal，长度分别为147和T‑10，二者的卷积为其中，S_covn为卷积的结果，长度为147+T‑10‑1，从卷积结果S_covn中部取出长度为T‑10的信号，标记为S_covn_keep，长度为T‑10，k是一个变量，k∈[1,147+T‑10‑1]，n＝1,2,3,…,k,步骤3检测卷积信号S_covn_keep的峰位置，具体过程为：步骤3.1计算S_covn_keep的连续小波变换，小波母函数为墨西哥帽函数；尺度范围为[2,8]，记连续小波变换结果为W(a,b)，其中，a和b分别为尺度因子和平移因子，ψ为小波函数，W(a,b)为连续小波变换的结果，其中b∈[1,T‑10]，S_covn_keep(t)为S_covn_keep第t个元素，W(a,b)为二维信号，表示尺度为a_i时，i∈[2,8]，当小波函数ψ的平移量是b时，S_covn_keep在小波函数空间的投影，步骤3.2在每个平移因子b处计算|W(a,b)|的最大值，M_W(b)＝max(|W(a,b)|)其中，|W(a,b)|小波变换的绝对值，M_W(b)为在平移为b时，S_covn_keep在尺度范围[2,8]上的小波函数上投影的最大值，b∈[1,T‑10]，步骤3.3M_W(b)中的峰即为核小体的二分点Dyad位置，这样便实现了核小体的预测。