一种药物靶标的高通量检索方法

摘要

本发明涉及一种药物靶标的高通量检索方法，属于生物信息学领域。以药物和标靶的复合体为参考，定义药物结合口袋，将结合口袋中的所有片段用蛋白质的结构指纹表示，蛋白质的结构指纹包括氨基酸序列，蛋白质折叠形状码，物理化学性质和向量偶合；输入数字化的药物结合口袋，检索全球已知蛋白结构数据库，进行指纹比对和定量评估，然后按照指纹相似性从高到低排列；选择蛋白折叠码的相似性分数和氨基酸物理化性质的相似性得分同时处于前2千名的结构蛋白为可能靶点区，分析和预测药物的可能靶标蛋白。本发明方法可以应用到药物二次开发研究方向，对已经批准的临床药物，通过发现新靶标开发新功效。

主权项

一种药物靶标的高通量检索方法，其特征在于，包括如下步骤：1）以药物和标靶的复合体为参考，定义药物结合口袋：首先，定义距离药物分子的每一个原子3埃的残基片段，接着，根据氢键相互作用或范德瓦尔斯相互作用，定义关键残基片段，每一个残基片段需要含有一个关键残基片段，关键残基片段的长度等于五个氨基酸；2）将结合口袋中的所有片段用蛋白质的结构指纹表示，蛋白质的结构指纹包括氨基酸序列，蛋白质折叠形状码，物理化学性质和向量偶合；3）输入数字化的药物结合口袋，检索全球已知蛋白结构数据库，进行指纹比对和定量评估，然后按照指纹相似性从高到低排列；4）选择蛋白折叠码的相似性分数和氨基酸物理化性质的相似性得分同时处于前2千名的结构蛋白为可能靶点区，分析和预测药物的可能靶标蛋白。