确定癌症对组蛋白脱乙酰酶抑制剂的抗性的方法

摘要

本文描述的是确定特定癌症对组蛋白脱乙酰酶抑制剂是否有抗性或者敏感的方法和组合物。所述方法包括分析与对组蛋白脱乙酰酶抑制剂的反应相关的至少四种生物标志基因的表达水平。本文还描述了增加在患者中进行有效治疗性治疗的可能性的方法和组合物，包括分析与对组蛋白脱乙酰酶抑制剂的反应相关的至少四种生物标志基因的表达水平。本文还描述了来自对组蛋白脱乙酰酶抑制剂敏感或者有抗性的癌症的分离的核酸群体。还描述了与前述方法和组合物一起使用的试剂盒和指示。

主权项

1.对患者中的癌症进行分类的方法，包括将所述癌症中的至少四种生物标志基因的表达水平与所述生物标志基因的第一或者第二组表达水平阈值相比较；以及如果所述生物标志基因的表达水平低于所述第一组表达水平阈值，则表明所述癌症对HDAC抑制剂是敏感的，或者如果所述表达水平高于所述第二组表达水平阈值，则表明所述癌症对HDAC抑制剂具有抗性，其中所述至少四种生物标志基因选自PTPN3、ABCC3、SARG、PPAP2C、NPDC1、CTEN、RAB25、HEPH、TPMT、PKP3、GALNT5、CALML4、GALNT12、TPK1、DEFA6、EPLIN、CLIC5、PERP、SYK、SLC12A2、GUCY2C、TM4SF4、TGFA、FGFBP1、PTK6、EVA1、EPHA2、ITGA6、TNFRSF21、TM4SF3、IL18、BMP4、SMPDL3B、TMPRSS2、GDA、MST1R、ITGB4、ANXA3、CCL15、DPEP1、NOXO1、IFI27、CYP3A43和PKP2。