人类多基因疾病关键基因的无向网络筛选方法

摘要

本发明公开了一种人类多基因疾病关键基因的无向网络筛选方法，本发明通过人类疾病基因表达谱数据收集、差异表达基因的基因功能注释，根据基因之间的功能，从一个差异表达基因A出发，连线链接下一个基因B，再由基因B出发连接与其关系密切的基因C，以此类推，同时查找另外的差异表达基因D和基因E的功能，并用连线链接，获得整个疾病基因的相互作用网络；每个基因作为一个节点，用数字序号代表，而每两个基因联系的信号通路连线构成了网络的边，从而构建基因相互作用无向网络模型；经节点收缩后网络凝聚度的评估，并根据节点重要度进行排序，选取相应的基因作为人类多基因疾病关键基因。

主权项

一种人类多基因疾病关键基因的无向网络筛选方法，其是按以下步骤进行的：①依据文献及基因表达谱芯片实验结果，收集疾病相关基因名称；②在NCBI Gene，Gene Ontology及Online Mendelian Inheritancein ManTM数据库中注释相关基因功能；③基因相互作用网络图构建：根据基因之间的功能关系，从一个差异表达基因A出发，连线链接下一个基因B，再由基因B出发连接与其关系密切的基因C……，以此类推，同时查找另外的差异表达基因D和基因E的功能，并用连线链接，获得整个疾病基因的相互作用网络；每个基因作为一个节点，用数字序号代表，而每两个基因联系的信号通路连线构成了网络的边，从而形成为一个无向网络模型；④采用D(n)＝(dij(n))n×n构造节点之间最短距离矩阵，网络的凝聚度为节点数n与平均路径长度l乘积的倒数， ∂ [ G ] = 1 n · l = 1 n · Σ i ≠ j ∈ V d ij n ( n - 1 ) = n - 1 Σ i ≠ j ∈ V d ij 网络凝聚度的节点重要度用下式表示， IMC = 1 - ∂ [ G ] ∂ [ G * v i ] ; ⑤根据节点重要度进行排序，选取相应的基因作为多基因疾病关键基因。