DNA蛋白结合位点的DNase高通测序检测信号处理方法

摘要

本发明公开了DNA蛋白结合位点的DNase高通测序检测信号预处理方法。包括以下几个步骤：获取基因基本信息，和DNA蛋白结合位点的DNase-Seq高通测序检测数据和ChIP-Seq高通测序监测数据；对DNase-Seq高通测序检测数据质量评估，筛选出可信测序数据；将每条可信测序数据仅保留直接反映蛋白结合位点的测序起始位置；得到DNase-Seq检测样本数据集合；对DNase-Seq检测样本数据集合进行归一化处理；对DNase-Seq检测样本数据集合进行细分；分别从正面和背面两个方向对两个子集中数据进行纵向求和，完成操作。本发明大幅提高了DNA蛋白结合位点的识别精度和识别分辨率。

主权项

DNA蛋白结合位点的DNase高通量测序检测信号的预处理方法，其特征在于，包括以下几个步骤：步骤一：获取基因基本信息，基因基本信息包括DNA基因组的碱基序列和基因在DNA上的位置信息，获取DNA蛋白结合位点的DNase‑Seq高通量测序检测数据和ChIP‑Seq高通量测序检测数据；步骤二：对DNase‑Seq高通量测序检测数据质量评估，筛选出碱基位点的质量得分在20以上的可信测序数据，通过映射找到每条可信预测数据在基因组中的出处；步骤三：将每条可信测序数据仅保留直接反映蛋白结合位点的测序起始位置，得到更新后的DNase–Seq数据；步骤四：在每个DNA碱基位点上求取更新后的DNase–Seq数据点的个数，作为DNA碱基位点的DNase‑Seq检测值；利用ChIP‑Seq数据获取存在相关DNA蛋白的结合位点的区域，提取区域内完整的DNase‑Seq检测值，得到DNase‑Seq检测样本数据集合；步骤五：对DNase‑Seq检测样本数据集合进行归一化处理，即将每个DNA碱基位点的DNase‑Seq检测值除以DNase‑Seq检测样本数据集合中所有DNA碱基位点的DNase‑Seq检测值之和；步骤六：对DNase‑Seq检测样本数据集合进行细分；将DNase‑Seq检测样本数据集合分为正链正测序子集、正链负测序子集、负链正测序子集和负链负测序子集，将正链正测序子集和负链负测序子集通过相关对齐的方式合并成为DNA蛋白结合位点的正面检测数据子集，将正链负测序子集和负链正测序子集通过相关对齐的方式合并成为DNA蛋白结合位点的背面检测数据子集；步骤七：分别从正面和背面两个方向，对正面检测数据子集和背面检测数据子集中的数据进行纵向求和，完成操作。