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一种处理小分子和蛋白质相互作用的计算方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)读入蛋白质和小分子配体文件数据；(2)判断蛋白质和小分子配体中的原子类型；(3)随机初始化小分子配体的位置和角度；(4)运行SearchProtein算法，优化小分子配体的坐标和角度，Chemscore公式作为评价函数；(5)达到最大迭代次数后终止计算；(6)分析结果，RMSD、对接自由能ΔG和对接位点的坐标，输出结果；所述的配体文件包括原子的类型、坐标以及键的类型信息；所述的随机初始化小分子配体的位置和角度具体为：小分子配体的位置和角度在活性中心周围<img file="FDA0000723849640000011.GIF" wi="364" he="72" />的范围内随机产生，并通过Presearch算法进行搜索和对接计算；所述的Presearch算法为将蛋白质的原配体与蛋白质对接，找到活性位点并得到原始对接自由能ΔG<sub>0</sub>，读入蛋白质和原分子配体文件数据，判断蛋白质和原配体分子中的原子类型，随机初始化小分子配体的位置和角度；在蛋白质分子上加上极性氢，并计算库尔曼电荷，将其保存后缀名为pdbqs的文件，小分子经过加氢，计算电荷，并确定可旋转键后保存为pdbq文件；利用mkdpf4命令生成对接所需要的格点参数文件，后缀名为.gpf，打开该文件，将网格中心修改为活性位点中心的坐标；用mkdpf4命令生成dpf文件；所述的SearchProtein算法为进行污染物小分子与蛋白质的分子对接，并得到对接自由能ΔG，读入蛋白质和污染物小分子文件数据，判断蛋白质和污染物小分子中的原子类型，随机初始化小分子配体的位置和角度；在蛋白质分子上加上极性氢，并计算库尔曼电荷，将其保存后缀名为pdbqs的文件，小分子经过加氢，计算电荷，确定可旋转键后保存为pdbq文件；利用mkdpf4命令生成对接所需要的格点参数文件，后缀名为.gpf，打开该文件，将网格中心修改为活性位点中心的坐标；用mkdpf4命令生成dpf文件。 |
