| 摘要 |
【解決手段】本発明は生体高分子の平衡な溶媒和部位を解析する方法に関するものである。この方法は３Ｄ‐ＲＩＳＭに基づき、シミュレーションに依拠しないで、また溶媒サンプリングによる制限を受けずに、平衡な溶媒分布関数を求める。この分布関数を解析することにより、溶媒の最も尤度の高いポーズや局所的なエントロピー、エンタルピー、および溶媒和自由エネルギーを抽出することができる。テストする系として、我々はＫＮＩ‐２７２を結合したＨＩＶ‐１プロテアーゼの構造を使った。この系に関しては、多くの構造的、熱力学的実験データが比較に利用可能だからである。その結果は、数分で得られたが、利用可能な実験データとの系統的な一致を示している。さらに、その結果は、すでに行われていたシミュレーションに基づく溶媒の解析結果とも良好な一致を示した。この方法は単に活性部位の溶媒和構造の可視化解析だけではなく、仮想スクリーニング方法や実験の改良にも使用することができる。【選択図】図１ |
