基因组减少的细菌

摘要

本发明提供一种细菌，所具有的基因组被遗传改造成比其天然亲代菌株基因组小至少2到约20％。具有较小基因组的细菌可更有效生成商业产品。本发明也提供从细菌基因组缺失基因和其它DNA序列的方法。此方法提供精确的缺失且很少引入突变到缺失位置周围的基因组DNA序列。因此，该方法可用于产生一系列细菌中的突变而不增加基因组内不需要的同源重组的可能性。此外，本发明提供的一些方法也能用于使所需DNA序列取代细菌基因组区域。

主权项

一种大肠杆菌，所述大肠杆菌的基因组被遗传改造成比其天然亲代大肠杆菌菌株基因组小5％至20％，其中从所述细菌基因组缺失的序列不会不利地影响细菌在特定生长条件下生存和增殖的速度，其中大肠杆菌基因组被遗传改造以从大肠杆菌基因组中缺失一个或更多个DNA，该DNA选自天然亲代菌株基因组中的鞭毛基因、限制性修饰系统基因、脂多糖表面基因、插入序列、rhs元件、毒素基因、致病基因、菌毛基因、侵袭素基因、周质蛋白基因、膜蛋白基因、原噬菌体、假基因、K岛、噬菌体受体和非转录区，其中所述大肠杆菌的基因组缺失了以下基因中的一个或更多个：b0247‑b0310(MD1),b1337‑b1411(MD2),b2442‑b2450(MD3),b2622‑b2660(MD4),b1994‑b2008(MD5),b3323‑b3338(MD6),b2349‑b2363(MD7),b1540‑b1579(MD8),b4271‑b4320(MD9),b2969‑b2987(MD10),b1138‑b1172(MD11),b0538‑b0565(MD12),b0016‑b0022(GP1),b0577‑b0582(GP2),b2389‑b2395(GP3),b0358‑b0368(GP4),b0370‑b0380(GP5),b2856‑b2863(GP6),b3042‑b3048(GP7),b0656(GP8),b1325‑b1333(GP9),b2030‑b2062(GP10),b2190‑b2192(GP11),b3215‑b3219(GP12),b3504‑b3505(GP13),b1070‑b1083(GP14),b1878‑b1894(GP15),b1917‑b1950(GP16),b4325‑b4358(GP17),b0497‑b0502(GP18),b0700‑b0706(GP19),b1456‑b1462(GP20),b3482‑b3484(GP21),b3593‑b3596(GP22),b0981‑b0988(GP23),b1021‑b1031(GP24),b2080‑b2096(GP25),b3441‑b3446(GP26),b3557‑b3558(GP27),和b0150‑b0153(MD40)。