从血浆无创测定胎儿或肿瘤的甲基化组

摘要

本实施例提供了测定并使用各种组织和样品的甲基化型态的系统、方法和设备。因阐述发明的需要，我们提供了相关的实例说明。基于血浆DNA甲基化(或具有游离DNA的其它样品，例如尿液、唾液、生殖器洗涤液等)与母亲/患者的甲基化型态的比较来推断胎儿/肿瘤组织的甲基化型态。当样品具有DNA混合物时，可以使用组织特定的等位基因以鉴别来自胎儿/肿瘤的DNA，来确定胎儿/肿瘤组织的甲基化型态。甲基化型态可以用于确定胎儿/肿瘤的基因组中的拷贝数变异。通过各种技术鉴别出胎儿的甲基化标记物。可以通过确定DNA片段的尺寸分布的尺寸参数来确定甲基化型态，其中所述尺寸参数的参考值可以用于确定甲基化水平。另外，甲基化水平可以用于确定癌症等级。

主权项

一种分析生物体的生物样品的方法，所述生物样品包括源自正常细胞和可能来自与癌症相关的细胞的核酸分子，其中在所述生物样品中至少一些所述核酸分子是游离的核酸分子，所述方法包含：从所述生物样品分析多个DNA分子，其中分析DNA分子包括：确定所述DNA分子在所述生物体的基因组中的位置；确定所述DNA分子在一或多个位点是否甲基化；对于多个位点中的每一者：确定在所述位点上甲基化的DNA分子的相应数目；基于在所述多个位点上甲基化的DNA分子的所述相应数目计算第一甲基化水平；将所述第一甲基化水平与第一阈值比较；基于所述比较，确定癌症等级的第一分类。