超快速检测人类基因组单碱基突变和微插入缺失的方法

摘要

本发明提出一种超快速检测人类基因组单碱基突变和微插入缺失的方法，是一种能从人基因组DNA测序结果中快速地检测出单碱基突变、微插入缺失的可行方法。本发明通过把人参考基因组序列科学有效地切分为小的子参考序列块，把人重测序中的几乎全部步骤(包括分析时间较长的步骤)都切分为计算复杂度大大降低的子任务块，而各子任务块之间相互不影响，最后把从各子参考序列块中得到的遗传多态性信息进行去冗余、校正，然后过滤，从而得到原人重测序流程中需要获取的遗传多态性信息。本发明解决了人重测序生物信息分析时间过长的问题，开创了一种新的分析模式。

主权项

一种超快速检测人类基因组单碱基突变和微插入缺失的方法，其特征在于，包括：获取人全基因组序列的测序结果，对人类基因组DNA样品进行扩增、建库和测序处理，得到人的全基因组测序结果；对得到的人全基因组测序结果进行来料质控，以确保测序得到的序列，其测序质量符合进行信息分析的要求；对来料质控后的人的全基因组测序结果进行过滤接头、低质量处理，得到已过滤序列，对已过滤序列进行来料质控，以确定这些可用的已过滤序列从质与量上符合信息分析的标准；将人参考基因组切分成若干小块的参考基因组块，且对每一小块分别建立适用于比对软件的二进制索引库；将上述待比对序列，序列比对到切分好的某参考基因组块，对其进行人重测序生物信息分析，得到测序序列在该参考基因组块中的比对结果；对该比对结果进行排序、重比对、比对质量与比对得分值校正，得到修正后的比对结果；对修正后的比对结果进行去重，得到能够用于检测遗传多态性的比对结果文件；基于该结果文件，检测该参考基因组块中的某个小块的遗传多态性SNP和Indel；然后分别对该参考基因组块中其他小块进行同样的分析；不同参考基因组块的分析能够并行处理，且相互不影响；上述所有分析都完成后，得到若干个分别对应于参考基因组块的遗传多态性结果；对上述遗传多态性的结果进行合并，得到全基因组的遗传多态性结果；对得到全基因组的遗传多态性结果进行校正、过滤，并对过滤后的多态性结果进行结果质控，以确定该结果是正常无误的人的遗传多态性结果。