用于RET融合基因检测的引物、探针及检测试剂盒

摘要

本发明公开了一种用于RET融合基因检测的引物、探针，包括RET融合突变特异性反转录引物及RET基因融合突变检测特异性引物和探针核苷酸序列；一种用于RET融合基因检测的检测试剂盒，包括mRNA反转录cDNA体系，所述的mRNA反转录cDNA体系用于所述的检测试剂盒的PCR反应；本发明采用了特异引物和探针技术，可以特异检测人类RET基因融合突变；建立了实时荧光PCR体系，可同时检测RET基因17种融合突变；灵敏度高，5-10拷贝的突变可以检出；操作简单，检测廉价，临床应用范围广；样本检测范围广，样本可以为新鲜病理组织，石蜡包埋组织或胸腔液；检测速度快，检测过程只需要90分钟即可完成。

主权项

一种用于RET融合基因检测的引物、探针，其特征在于：包括RET融合突变特异性反转录引物及RET基因融合突变检测特异性引物和探针核苷酸序列；所述的RET融合突变特异性反转录引物具体为：RET反转录1：    TGAAGGAGAAGAGGACAGCG            SEQ ID NO：01RET反转录2：    CACCGGAAGAGGAGTAGCTGAC          SEQ ID NO：02RET反转录3：    CCAAATTCGCCTTCTCCTAGAG          SEQ ID NO：03Actin反转录4：   CAGGAGGAGCAATGATCTTG            SEQ ID NO：04；所述的RET基因融合突变检测特异性引物和探针核苷酸序列包括KIF5B和RET‑12基因融合突变检测特异性引物和探针核苷酸序列、CCD1、CCD2、ERC和RET‑12基因融合突变检测特异性引物和探针核苷酸序列、GOLGA7F、NCOA8F、HOOK11F和RET‑12基因融合突变检测特异性引物和探针核苷酸序列、PCM29F、PRKAR7F、KTN29F和RET‑12基因融合突变检测特异性引物和探针核苷酸序列、TRIM24、TRIM33和RET‑12基因融合突变检测特异性引物和探针核苷酸序列、KIF5B‑24和RET‑11基因融合突变检测特异性引物和探针核苷酸序列及KIF5B‑15和RET‑11基因融合突变检测特异性引物和探针核苷酸序列；所述的KIF5B和RET‑12基因融合突变检测特异性引物和探针核苷酸序列具体为：KIF15F        GAAATAGGAATTGCTGTGGGAAAT             SEQ ID NO：05KIF16F        TAGCAGCATGTCAGCTTCGTAT                SEQ ID NO：06KIF22F        CTCTTTGTTCAGGACCTGGCTAC              SEQ ID NO：07KIF23F        AATCTTGAACAGCTCACTAAAGTGC            SEQ ID NO：08RET12R        CCAAATTCGCCTTCTCCTAGAG               SEQ ID NO：09Taqman Ret12  FAM‑5‑ ATCCAAAGTGGGAATTCC‑3‑BHQ‑MGB  SEQ ID NO：10；所述的CCD1、CCD2、ERC和RET‑12基因融合突变检测特异性引物和探针核苷酸序列具体为：CCDC1F      GCACTGCAGGAGGAGAACC                   SEQ ID NO：11CCDC2F      TTCCTCACTAATGAGCTCTCCAG               SEQ ID NO：12ERC11F      TTGGAGCAGAAGAAGGAGGAG                 SEQ ID NO：13RET12R      CCAAATTCGCCTTCTCCTAGAG                 SEQ ID NO：14Taqman Ret12 FAM‑5‑ ATCCAAAGTGGGAATTCC‑3‑BHQ‑MGB   SEQ ID NO：15；所述的GOLGA7F、NCOA8F、HOOK11F和RET‑12基因融合突变检测特异性引物和探针核苷酸序列具体为：GOLGA7F       GAAGCTGATGGGCCAGATACAT              SEQ ID NO：16NCOA8F        CAGGACTGGCTTACCCAAAAG               SEQ ID NO：17HOOK11F       AGTTAAGAAAGGCCAACGCAG               SEQ ID NO：18RET12R        CCAAATTCGCCTTCTCCTAGAG               SEQ ID NO：19Taqman Ret12  FAM‑5‑ ATCCAAAGTGGGAATTCC‑3‑BHQ‑MGB  SEQ ID NO：20；所述的PCM29F、PRKAR7F、KTN29F和RET‑12基因融合突变检测特异性引物和探针核苷酸序列具体为：PCM29F        GACCGGCAAATTAAAGCAATTAT             SEQ ID NO：21PRKAR7F       AATGTGAAATTGTGGGGCATC               SEQ ID NO：22KTN29F        GCCATGCTAAAAGAGAGGGAG               SEQ ID NO：23RET12R        CCAAATTCGCCTTCTCCTAGAG              SEQ ID NO：24Taqman Ret12  FAM‑5‑ATCCAAAGTGGGAATTCC‑3‑BHQ‑MGB  SEQ ID NO：25；所述的TRIM24、TRIM33和RET‑12基因融合突变检测特异性引物和探针核苷酸序列具体为：TRIM24‑9F     GCACCTGTGGGTTTACCAAAC               SEQ ID NO：26TRIM33‑16F    GTAAGAAGGGGAAAACTGCGC               SEQ ID NO：27RET12R        CCAAATTCGCCTTCTCCTAGAG              SEQ ID NO：28Taqman Ret12  FAM‑5‑ATCCAAAGTGGGAATTCC‑3‑BHQ‑MGB  SEQ ID NO：29；所述的KIF5B‑24和RET‑11基因融合突变检测特异性引物和探针核苷酸序列具体为：KIF24F          TCGCATAAAGGAAGCAGTCAG                SEQ ID NO：10K24R11R        TGAAGGAGAAGAGGACAGCG                SEQ ID NO：10TaqmanK24R11  FAM‑5‑AAGAGGGCATTCTGCAC‑3‑BHQ‑MGB   SEQ ID NO：30；所述的KIF5B‑15和RET‑11基因融合突变检测特异性引物和探针核苷酸序列具体为：KIF15F              GAAATAGGAATTGCTGTGGGAAAT      SEQ ID NO：31K15R11R            CACCGGAAGAGGAGTAGCTGAC        SEQ ID NO：32TaqmanK15R11 FAM‑5‑ATCTCCTCAGCTGAGATGAC‑3‑BHQ‑MGB SEQ ID NO：33。