一种链特异性全基因组范围内研究APA的方法

摘要

本发明公开了一种链特异性全基因组范围内研究APA的方法SS-3T-seq，该方法是用于在全基因组范围内研究APA变化，首先构建一种特殊的含有oligo dT的磁珠，用这种磁珠筛选含有多聚A的RNA，然后在磁珠上逆转录合成第一链cDNA，逆转录体系中用甲基化的dCTP替代正常的dCTP，然后用特殊的dNTP(dUTP代替dTTP)合成双链cDNA。经过断裂后磁珠上留下的即为含有APA位点的片段，再经过Gsu I酶切除去多聚A结构，将目的片段从磁珠上释放下来，两端经过修饰后添加Illumina测序接头，经过片段大小筛选，USER酶处理以除去第二链中dUTP，只剩余第一链做PCR扩增，即得到可用于Illumina二代测序的含有链的信息的文库。本方法实验操作简单，降低了步骤繁琐引起的损失，同时降低了实验难度和造价，非常适合推广。

主权项

一种链特异性全基因组范围内研究APA的方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)构建一种特殊的含有oligo dT的磁珠，用这种磁珠筛选含有多聚A的RNA，所述磁珠既能筛选含有多聚A的RNA，同时又含有酶切位点移除文库中的多聚A结构；(2)在磁珠上逆转录合成第一链cDNA，逆转录体系中用甲基化的dCTP替代正常的dCTP；(3)用特殊的dNTP合成双链cDNA，所述特殊的dNTP是指其中用dUTP代替dTTP，经过断裂后磁珠上留下的即为含有APA位点的片段；(4)再经过Gsu I酶切除去多聚A结构，将目的片段从磁珠上释放下来；(5)目的片段两端经过修饰后添加Illumina测序接头；(6)经过片段大小筛选后，用USER酶处理以除去第二链中的dUTP，只剩余第一链做PCR扩增，即得到用于Illumina二代测序的文库。