用于对经修饰的核酸测序的方法和组合物

摘要

本发明提供了用于表征经修饰的核酸的方法、组合物和系统。在某些优选的实施方案中，提供了用于鉴别核酸序列内的经修饰的核苷酸的单分子测序方法。可通过本文提供的方法检测的修饰包括化学修饰的碱基、酶促修饰的碱基、脱碱基位点、非天然碱基、二级结构和与模板核酸结合的试剂。

主权项

一种对同源染色体测序的方法，所述方法包括：a)提供一对具有目标基因座的同源染色体，所述对包含第一同系物和第二同系物，其中所述第一同系物包含在所述目标基因座处的经修饰的碱基，且所述第二同系物缺少在所述目标基因座处的经修饰的碱基；b)对所述第一同系物和所述第二同系物测序，其中对每个测序的核苷酸进行询问，所述询问提供碱基组成数据和动力学数据二者，由此产生来自所述第一同系物和所述第二同系物二者的目标基因座的序列读出，所述序列读出包含所述碱基组成数据和所述动力学数据二者；c)分析所述目标基因座的碱基组成数据和动力学数据以鉴别包含所述修饰的所述序列读出的第一子集，和将所述第一子集分配给所述第一同系物；和d)分析所述目标基因座的碱基组成数据和修饰数据以鉴别缺少所述修饰的所述序列读出的第二子集，和将所述第二子集分配给所述第二同系物。