功能性微生物多样性分析用引物和使用该引物的多重扩增

摘要

本发明公开了一种功能性微生物多样性分析用引物和使用该引物的多重扩增，涉及3对用于功能性微生物多样性分析的针对β-葡萄糖苷水解酶基因的引物。经DNAMAN6.0软件进行序列同源性比对后分别设计β-葡萄糖苷水解酶GH1家族的通用简并引物GH1F，GH1R，GH1R-GC，和β-葡萄糖苷水解酶GH3家族细菌、放线菌的通用简并引物GH3BF，GH3BR，GH3BF-GC，以及β-葡萄糖苷水解酶GH3家族真菌的通用简并引物GH3EF，GH3ER，GH3EF-GC，本发明提供的引物具有很好的通用性和实用性，能良好的反应实验对象中参与降解纤维素的功能性微生物的多样性，可以适用于来源于土壤，沉积物，人畜胃肠道等环境样品的分析。

主权项

一种功能性微生物多样性分析用引物，其特征在于，通过数据库获得不同微生物β‑葡萄糖苷水解酶基因序列，经DNAMAN6.0软件进行序列同源性比对后分别设计β‑葡萄糖苷水解酶GH1家族的通用简并引物GH1F，GH1R，GH1R‑GC，和β‑葡萄糖苷水解酶GH3家族细菌、放线菌的通用简并引物GH3BF，GH3BR，GH3BF‑GC以及β‑葡萄糖苷水解酶GH3家族真菌的通用简并引物GH3EF，GH3ER，GH3EF‑GC；选择通用简并引物3对：GH1F和GH1R‑GC、GH3BR和GH3BF‑GC以及GH3ER和GH3EF‑GC；上述引物的具体序列如下：(1)GH‑3‑E家族(1.1)上游引物GH3EF5→3：ggtggtcgcRRYtggga即5→3：ggtggtcgc(a或g)(a或g)(c或t)tggga；(1.2)下游引物GH3ER5→3：ccaggcatcggWcatRtc；即5→3：ccaggcatcgg(t或a)cat(a或g)tc；(1.3)上游引物GH3EF‑GC5→3：CGCCCGCCGCGCGCGGCGGGCGGGGCGGGGGCACGGG ggtggtcgcRRYtggga；(2)GH‑3‑B家族(2.1)上游引物GH3BF5→3：ttcggcgaagaYcc即5→3：ttcggcgaaga(t或c)cc；(2.2)上游引物GH3BF‑GC5→3：CGCCCGCCGCGCGCGGCGGGCGGGGCGGGGGCACGGGttcggcgaagaYcc；(2.3)下游引物GH3BR5→3：acgccttYRWaRcc即5→3：acgcctt(c或t)(g或a)(a或t)a(a或g)cc；(3)GH‑1家族(3.1)上游引物GH1F5→3：cctaccagatYgaRgg；即5→3：cctaccagat(t或c)ga(a或g)gg；(3.2)下游引物GH1R5→3：gaggaagRtcccaRtg；即5→3：gaggaag(a或g)tccca(a或g)tg；(3.3)下游引物GH1R‑GC5→3：CGCCCGCCGCGCGCGGCGGGCGGGGCGGGGGCACGGG gaggaagRtcccaRtg。