用于非期望核酸序列的阴性选择的组合物和方法

摘要

本发明提供了用于产生下一代测序(NGS)文库的方法、组合物和试剂盒，在该文库中非期望的核酸序列已经被排除或大幅度减少。例如，本文提供的方法、组合物和试剂盒可用于从具有减少的核糖体RNA的总RNA产生文库，并且可用于减少来自目的mRNA以低水平存在的混合样品的表达概况分析中的共同mRNA种类。本发明的方法可用于以序列特异性方式消除非期望的核酸序列，并因此用于富集核酸文库中的目的核酸序列。

主权项

一种用于从核酸文库中排除或减少特定的非期望的核酸序列的方法，该方法包括：a.生成包含单链DNA片段的核酸文库，该单链DNA片段在每个DNA片段的每个末端附接有固定取向的衔接子；b.使序列特异性寡核苷酸探针与所述在每个末端附接有固定取向的衔接子的单链DNA片段退火，其中该序列特异性寡核苷酸探针被设计成与所述非期望的核酸序列互补，并且其中两个衔接子中的至少一个包含对双链DNA具特异性的限制性内切核酸酶的识别序列；c.用DNA聚合酶延伸所述序列特异性寡核苷酸探针，从而生成包含所述非期望的核酸序列的至少一部分的双链DNA片段；d.用对双链DNA具特异性的限制性内切核酸酶处理包含双链和单链DNA的DNA片段群体，从而在限制性内切核酸酶位点处裂解双链DNA片段；以及e.用一组对所述衔接子序列具有特异性的引物进行PCR，从而扩增包含期望的核酸序列的DNA片段。