一种检测奶牛乳腺组织lncRNA基因芯片的设计方法

摘要

本发明提供了一种检测奶牛乳腺组织lncRNA基因芯片的设计方法，以1头正常泌乳奶牛和1头患有乳房炎奶牛为样本，取其乳腺组织，提取其总RNA，并混合；去核糖体RNA，再去含polyA的RNA；得到的mRNA随机打断成为短片段，合成cDNA第一链、cDNA第二链，洗脱经末端修复、加碱基A，加测序接头，降解第二条链；进行片段大小选择，PCR扩增，构建文库；建好的测序文库进行测序；然后获取Clean reads、Cufflinks重构转录本、non-coding RNA库注释，进行蛋白库比对，过滤和去除mRNA，经CPC预测，得到Long Chain Non-Coding RNA预测序列结果文件；根据牛编码蛋白质的基因序列和lncRNA序列，开发并设计同时检测奶牛乳腺组织lncRNA和mRNA的芯片。可以满足有关牛乳腺组织lncRNA的研究，对牛其它组织器官lncRNA表达、功能等方面的研究也有借鉴作用。

主权项

一种检测奶牛乳腺组织lncRNA基因芯片的设计方法，其特征在于：包括以下步骤：(1)以1头正常泌乳奶牛和1头患有乳房炎奶牛为样本，取其乳腺组织，提取其总RNA，并混合；(2)混合后的总RNA去核糖体RNA，再去含polyA的RNA，以去除大部分coding序列；(3)得到的mRNA随机打断成为短片段，再以片断后的mRNA为模板，合成cDNA第一链，再合成cDNA第二链，经过QiaQuick PCR试剂盒纯化并加EB缓冲液洗脱经末端修复、加碱基A，加测序接头，然后降解第二条链；(4)然后进行片段大小选择，进行PCR扩增，构建文库；(5)最后建好的测序文库用Illumina HiSeqTM 2000进行测序；(6)然后获取Clean reads、Cufflinks重构转录本、non‑coding RNA库注释，和KEGG、NR、COG、SWISSPROT四个数据库进行蛋白库比对，过滤和去除mRNA，最后经CPC预测，得到所需要的Long Chain Non‑Coding RNA预测序列结果文件；(7)在此基础上，根据牛编码蛋白质的基因序列和lncRNA序列，开发并设计同时检测奶牛乳腺组织lncRNA和mRNA的芯片。