发明名称 |
基因定位的多重检验方法 |
摘要 |
本发明公开了一种基因定位的多重检验方法,其特征在于,包括:步骤一:对亲本DNA样品和子代DNA样品进行测序,获得高精度短片段序列;步骤二:对获得的所述高精度短片段序列与参考序列比对或者相互聚类,得到准确的SNP信息;步骤三:将SNP信息转换成群体SNP,进一步转换成标准的分子标准格式,进行遗传图谱构建,并在遗传图谱的基础上,进行QTL分析得到QTL座位信息;步骤四:鉴定子代DNA样品的表型信息,并准确地统计表型值分布,将表型值按梯度分组,把极端的表型值所对应的子代DNA样品的高精度短片段序列分别混合,分析基因型频率分布,通过卡方检验和秩和检验,找到相关的显著区域;步骤五:整合QTL座位信息与步骤四得到准确基因定位信息。 |
申请公布号 |
CN104573409A |
申请公布日期 |
2015.04.29 |
申请号 |
CN201510005209.1 |
申请日期 |
2015.01.04 |
申请人 |
杭州和壹基因科技有限公司 |
发明人 |
刘三阳;范崇仪;钱晓菊;张新明;高金龙;罗亚丹;范玉美;赵艳艳;王兆宝 |
分类号 |
G06F19/22(2011.01)I;C12Q1/68(2006.01)I |
主分类号 |
G06F19/22(2011.01)I |
代理机构 |
杭州中成专利事务所有限公司 33212 |
代理人 |
唐银益 |
主权项 |
一种基因定位的多重检验方法,其特征在于,包括:步骤一:利用第二代测序技术对亲本DNA样品和子代DNA样品进行测序,获得高精度短片段序列;步骤二:利用SNP分析软件对获得的所述高精度短片段序列与参考序列比对或者相互聚类,得到每个样品准确的SNP信息;步骤三:将这类SNP信息转换成群体SNP,进一步转换成标准的分子标准格式,利用作图软件进行遗传图谱构建,并在遗传图谱的基础上,进行QTL分析得到QTL座位信息;步骤四:鉴定子代DNA样品的表型信息,并准确地统计表型值分布,将表型值按梯度分组,把极端的表型值所对应的子代DNA样品的高精度短片段序列分别混合,分析基因型频率分布,通过卡方检验和秩和检验,找到与表型信息相关的显著区域;步骤五:整合QTL座位信息与步骤四得到准确的与表型信息相关的基因定位信息。 |
地址 |
310000 浙江省杭州市滨江区江陵路88号万轮科技园7幢 |