一种基于大树构建子树的系统进化树重建方法

摘要

本发明公开了一种基于大树构建子树的系统进化树重建方法。本方法为：1)对系统进化基础大树进行分割，并记录分割次数、分割权值以及每个叶子节点的关系链，然后存储到数据库中；2)根据物种子名录中的物种名称确定一物种子名录列表，从数据库中查找匹配的节点元素列表，并建立该子名录列表与该节点元素列表的映射关系；3)从数据库中检索该节点元素列表中每个节点元素的关系链和节点权值；4)将关系链两两之间进行比对，形成节点元素的分组关系；5)根据节点元素的节点权值和分组关系，计算每个节点元素在系统进化子树中对应的权值；生成并输出该物种子名录对应的系统进行子树。本方法能满足根据名录快速构建生物样方中生物进化关系等需要。

主权项

一种基于大树构建子树的系统进化树重建方法，其步骤为：1)对newick格式的系统进化基础大树进行分割，并记录分割次数、分割权值以及该系统进化基础大树分割后的每个叶子节点的关系链；2)将所述分割次数、分割权值、关系链存到数据库中并建立索引；3)根据基于该系统进化基础大树进行子树构建的物种子名录中的物种名称确定一物种子名录列表，从所述数据库中查找匹配的节点元素列表，并建立该子名录列表与该节点元素列表的映射关系；4)从所述数据库中检索该节点元素列表中每个节点元素的关系链和节点权值；5)将步骤4)所得到的所有关系链两两之间进行比对匹配，并根据匹配结果形成节点元素的分组关系；6)根据该节点元素列表中每个节点元素的节点权值和所述分组关系，计算每个节点元素在系统进化子树中对应的权值；生成并输出该物种子名录对应的系统进行子树。