发明名称 |
用于鱼类群落结构研究的环境DNA鉴定方法 |
摘要 |
本发明涉及一种用于鱼类群落结构研究的环境DNA鉴定方法,其特征在于,包括以下步骤:步骤(1):根据鱼类群落所在水域的大小,采集水样;步骤(2):将水样进行处理后,提取其中的总环境DNA;步骤(3):将总环境DNA采用核苷酸序列为SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2的16s rDNA序列作为通用引物进行PCR扩增,得到PCR产物;步骤(4):将PCR产物进行凝胶电泳,得到带有DNA的凝胶;步骤(5):将带有DNA的凝胶进行切胶克隆测序后通过GENBANK进行blast比对,以确定DNA是否为鱼类序列;步骤(6):确定DNA为鱼类序列后,采用二代测序技术对PCR产物的组成情况进行大规模分析,以确定环境中DNA的鱼群的组成和鱼类的群落结构。采用该方法十分简便高效,具有实用价值。 |
申请公布号 |
CN104531879A |
申请公布日期 |
2015.04.22 |
申请号 |
CN201510005835.0 |
申请日期 |
2015.01.06 |
申请人 |
上海海洋大学 |
发明人 |
刘其根;戴亮亮;赵良杰;刘军;胡忠军 |
分类号 |
C12Q1/68(2006.01)I |
主分类号 |
C12Q1/68(2006.01)I |
代理机构 |
上海智信专利代理有限公司 31002 |
代理人 |
王洁 |
主权项 |
一种用于鱼类群落结构研究的环境DNA鉴定方法,其特征在于,包括以下步骤:步骤(1):根据鱼类群落所在水域的大小,采集水样;步骤(2):将所述的水样进行处理后,提取其中的总环境DNA;步骤(3):将所述的总环境DNA采用核苷酸序列为SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2的16srDNA序列作为通用引物进行PCR扩增,得到PCR产物;步骤(4):将所述的PCR产物进行凝胶电泳,得到带有DNA的凝胶;步骤(5):将所述的带有DNA的凝胶进行切胶克隆测序后通过GENBANK进行blast比对,以确定所述的DNA是否为鱼类序列;步骤(6):确定所述的DNA为鱼类序列后,采用二代测序技术对所述的PCR产物的组成情况进行大规模分析,以确定环境中DNA的鱼群的组成和鱼类的群落结构。 |
地址 |
201306 上海市浦东新区临港新城沪城环路999号 |