发明名称 用于鱼类群落结构研究的环境DNA鉴定方法
摘要 本发明涉及一种用于鱼类群落结构研究的环境DNA鉴定方法,其特征在于,包括以下步骤:步骤(1):根据鱼类群落所在水域的大小,采集水样;步骤(2):将水样进行处理后,提取其中的总环境DNA;步骤(3):将总环境DNA采用核苷酸序列为SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2的16s rDNA序列作为通用引物进行PCR扩增,得到PCR产物;步骤(4):将PCR产物进行凝胶电泳,得到带有DNA的凝胶;步骤(5):将带有DNA的凝胶进行切胶克隆测序后通过GENBANK进行blast比对,以确定DNA是否为鱼类序列;步骤(6):确定DNA为鱼类序列后,采用二代测序技术对PCR产物的组成情况进行大规模分析,以确定环境中DNA的鱼群的组成和鱼类的群落结构。采用该方法十分简便高效,具有实用价值。
申请公布号 CN104531879A 申请公布日期 2015.04.22
申请号 CN201510005835.0 申请日期 2015.01.06
申请人 上海海洋大学 发明人 刘其根;戴亮亮;赵良杰;刘军;胡忠军
分类号 C12Q1/68(2006.01)I 主分类号 C12Q1/68(2006.01)I
代理机构 上海智信专利代理有限公司 31002 代理人 王洁
主权项 一种用于鱼类群落结构研究的环境DNA鉴定方法,其特征在于,包括以下步骤:步骤(1):根据鱼类群落所在水域的大小,采集水样;步骤(2):将所述的水样进行处理后,提取其中的总环境DNA;步骤(3):将所述的总环境DNA采用核苷酸序列为SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2的16srDNA序列作为通用引物进行PCR扩增,得到PCR产物;步骤(4):将所述的PCR产物进行凝胶电泳,得到带有DNA的凝胶;步骤(5):将所述的带有DNA的凝胶进行切胶克隆测序后通过GENBANK进行blast比对,以确定所述的DNA是否为鱼类序列;步骤(6):确定所述的DNA为鱼类序列后,采用二代测序技术对所述的PCR产物的组成情况进行大规模分析,以确定环境中DNA的鱼群的组成和鱼类的群落结构。
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