用于测量和校准多重PCR反应中的扩增偏倚的组合物和方法

摘要

本发明描述了用于使一组高度异质的寡核苷酸引物的DNA扩增效率标准化的组合物和方法，所述寡核苷酸引物通常可用于扩增一组异质的DNA模板，所述DNA模板含有编码T细胞受体(TCR)或免疫球蛋白(IG)的重排淋巴样细胞DNA。本发明所公开的实施例可用于克服在利用扩增引物亚组过程中的非期望的偏倚，所述非期望的偏倚导致对扩增产物进行多重高通量测序以定量样品中的独特TCR或Ig编码基因组时的不精确。本发明提供了供用作扩增引物组的校准用标准品的组合物，所述组合物包含基本上等摩尔量的多种多样性的模板寡核苷酸。本发明还提供了用于在扩增期间识别和修正偏倚引物效率的方法。

主权项

一种用于使寡核苷酸引物组的扩增效率标准化的组合物，所述寡核苷酸引物组能够扩增生物样品中编码一种或多种适应性免疫受体的重排核酸分子，所述生物样品包含来自哺乳动物受试者的淋巴样细胞的重排核酸分子，每种适应性免疫受体包含可变区和连接区，所述组合物包含：多种模板寡核苷酸，其具有多种由如下通式表示的寡核苷酸序列：5'‑U1‑B1‑V‑B2‑R‑B3‑J‑B4‑U2‑3'    [I]其中：(a)V是包含适应性免疫受体可变(V)区编码基因序列或其互补序列的至少20个且不超过1000个连续核苷酸的多核苷酸，并且每种V多核苷酸包含独特的寡核苷酸序列；(b)J是包含适应性免疫受体连接(J)区编码基因序列或其互补序列的至少15个且不超过600个连续核苷酸的多核苷酸，并且每种J多核苷酸包含独特的寡核苷酸序列；(c)U1要么不存在，要么包含选自如下的寡核苷酸序列：(i)第一通用接头寡核苷酸序列和(ii)连接至第一通用接头寡核苷酸序列并位于其5'端的第一测序平台特异性寡核苷酸序列；(d)U2要么不存在，要么包含选自如下的寡核苷酸序列：(i)第二通用接头寡核苷酸序列和(ii)连接至第二通用接头寡核苷酸序列并位于其5'端的第二测序平台特异性寡核苷酸序列；(e)B1、B2、B3和B4各自独立地要么不存在，要么各自包含具有3‑25个连续核苷酸的条形码序列的寡核苷酸B，其中B1、B2、B3和B4各包含一寡核苷酸序列，所述寡核苷酸序列独特地识别作为成对组合的(i)(a)的独特V寡核苷酸序列和(ii)(b)的独特J寡核苷酸序列；(f)R要么不存在，要么包含具有不存在于(a)‑(e)中的寡核苷酸序列的限制性酶识别位点，并且其中：(g)所述多种模板寡核苷酸包含至少a种或至少b种独特寡核苷酸序列，以较大者为准，其中a是所述受试者中的独特适应性免疫受体V区编码基因区段的数量并且b是所述受试者中的独特适应性免疫受体J区编码基因区段的数量，并且所述组合物包含至少一种针对每种独特V多核苷酸的模板寡核苷酸和至少一种针对每种独特J多核苷酸的模板寡核苷酸。