| 摘要 |
Способ идентификации активированных молекулярных механизмов, специфичных для процесса канцерогенеза у индивидуального пациента, и генерации персонализированных рекомендаций для оптимизации схем противоопухолевой фармакотерапии, включающий следующие стадии:а) поиск активированных генных регуляторных сетей, состоящих из центрального регулятора (в частности, транскрипционного фактора) и регулируемых генов, используя RNASeq-данные для ткани опухоли и нормы с помощью алгоритма SNEA;б) производится объединение найденных генно-регуляторных сетей в кластеры на основании схожести набора регулируемых генов, используя меру Жаккара и иерархическую кластеризацию методом Уорда, при этом каждому кластеру регуляторов приписывается мера, характеризующая уровень экспрессии составляющих этот кластер генов и определяемая как сумма входящих в кластер медиан изменений экспрессии регулируемых генов;в) в случае одновременного анализа нескольких образцов с помощью кластерного анализа (используя корреляцию Пирсона и метод Уорда) определяются группы пациентов со сходными профилями активированных регуляторов сигнальных путей и пациент приписывается к наиболее близкой группе, что позволяет учесть дополнительную клиническую информацию, в частности о чувствительности/резистентности к определенной терапии;г) поиск генно-регуляторных сетей и канонических сигнальных путей, значимо обогащенных дифференциально экспрессированными генами и генами с мутациями (однонуклеотидными полиморфизмами и вставками/заменами найденными по экзомным данным), при этом больший вес может присваиваться полиморфизмам в регуляторах генной эк |
