免疫组库分析中样品污染的检测和定量

摘要

本发明涉及用于检测和定量个体的包含T细胞和/或B细胞的组织样品中的核酸污染的方法，其用于产生基于序列的克隆型谱。在一个方面，本发明通过测量借以可将来自预期个体的核酸与非预期个体的核酸区分开的内源性或外源性核酸标签的存在和/或水平来实现。内源性标签包括遗传身份标志物，诸如短串联重复序列、稀有克隆型等，且外源性标签包括用于确定来自序列读段的克隆型序列的序列标签。

主权项

一种确定待监测微小残留病的患者中遗留污染的方法，所述方法包括以下步骤：由以下步骤通过定期地测量所述患者的克隆型谱监测患者的微小残留病：(i)从个体获得包含T细胞和/或B细胞的样品；(ii)将序列标签附着至T细胞和/或B细胞的T细胞受体基因或免疫球蛋白基因的重组核酸的分子以形成标签‑分子缀合物，其中所述标签‑分子缀合物的基本上每个分子具有独特序列标签；(iii)扩增所述标签‑分子缀合物；(iv)测序所述标签‑分子缀合物；(v)从由相似序列标签比对的序列读段确定克隆型，并从此类克隆型生成克隆型谱；以及记录克隆型谱的每次测量的序列标签的核苷酸序列；以及由随后克隆型谱中来自任何先前克隆型谱的序列标签的存在、不存在和/或水平确定遗留污染。