一种检测HIV-1对酶抑制剂抗性的基因芯片及试剂盒

摘要

本发明公开了一种检测HIV-1对逆转录酶抑制剂和蛋白酶抑制剂抗性的基因芯片及试剂盒。本发明公开的一组寡核苷酸探针的序列如SEQ ID No.1-SEQ ID No.126所示。本发明的基因芯片和试剂盒可同时检测境内的HIV-1对逆转录酶抑制剂和蛋白酶抑制剂是否耐药及耐药程度，该基因芯片和试剂盒操作简便、准确性高、通量大、耗时短，为协助临床及时掌握HIV的治疗效果并制定治疗方案提供参考。

主权项

一组寡核苷酸探针，该组寡核苷酸探针的序列如SEQ ID No.1‑SEQ ID No.126所示；所述SEQ ID No.1、SEQ ID No.2、SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1蛋白酶_10_L野生型位点；所述SEQ ID No.5所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1蛋白酶_46_M野生型位点；所述SEQ ID No.6所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1蛋白酶M46I突变型位点；所述SEQ ID No.7所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1蛋白酶M46L突变型位点；所述SEQ ID No.8所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1蛋白酶L10R突变型位点；所述SEQ ID No.9和SEQ ID No.10所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1蛋白酶_63_L野生型位点；所述SEQ ID No.11、SEQ ID No.12和SEQ ID No.16所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1蛋白酶L63P突变型位点；所述SEQ ID No.13所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1蛋白酶_82_V野生型位点；所述SEQ ID No.14所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1蛋白酶V82I突变型位点；所述SEQ ID No.15所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1蛋白酶V82T突变型位点；所述SEQ ID No.17和SEQ ID No.21所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1蛋白酶_84_I野生型位点；所述SEQ ID No.18和SEQ ID No.22所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1蛋白酶I84V突变型位点；所述SEQ ID No.19和SEQ ID No.23所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1蛋白酶_90_L野生型位点；所述SEQ ID No.20和SEQ ID No.24所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1蛋白酶L90M突变型位点；所述HIV‑1蛋白酶的野生型位点为不耐HIV‑1蛋白酶抑制剂的位点；所述HIV‑1蛋白酶的突变型位点为耐HIV‑1蛋白酶抑制剂的位点；所述SEQ ID No.25和SEQ ID No.29所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶_41_M野生型位点；所述SEQ ID No.26、SEQ ID No.27、SEQ ID No.30和SEQ ID No.31所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶M41L突变型位点；所述SEQ ID No.28和SEQ ID No.36所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶_65_K野生型位点；所述SEQ ID No.32和SEQ ID No.40所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶K65R突变型位点；所述SEQ ID No.33和SEQ ID No.34所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶_62_A野生型位点；所述SEQ ID No.35所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶A62V突变型位点；所述SEQ ID No.37、SEQ ID No.38、SEQ ID No.41和SEQ ID No.42所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶_67_D野生型位点；所述SEQ ID No.39和SEQ ID No.43所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶D67N突变型位点；所述SEQ ID No.44所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶_75_V野生型位点；所述SEQ ID No.45和SEQ ID No.46所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶_74_L野生型位点；所述SEQ ID No.47所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶L74V突变型位点；所述SEQ ID No.48所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶V75I突变型位点；所述SEQ ID No.49、SEQ ID No.52和SEQ ID No.53所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶_103_K野生型位点；所述SEQ ID No.50和SEQ ID No.54所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶K103N突变型位点；所述SEQ ID No.51和SEQ ID No.55所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶K103S突变型位点；所述SEQ ID No.56、SEQ ID No.60所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶_70_K野生型位点；所述SEQ ID No.57和SEQ ID No.61所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶K70R突变型位点；所述SEQ ID No.58、SEQ ID No.59、SEQ ID No.63和SEQ ID No.65所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶K101E突变型位点；所述SEQ ID No.62和SEQ ID No.64所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶_101_K野生型位点；所述SEQ ID No.66和SEQ ID No.70所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶_106_V野生型位点；所述SEQ ID No.67和SEQ ID No.71所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶V106I突变型位点；所述SEQ ID No.68和SEQ ID No.72所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶V106A突变型位点；所述SEQ ID No.69所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶_151_Q野生型位点；所述SEQ ID No.73所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶Q151M突变型位点；所述SEQ ID No.74、SEQ ID No.75和SEQ ID No.76所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶_108_V野生型位点；所述SEQ ID No.77所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶V108I突变型位点；所述SEQ ID No.78和SEQ ID No.82所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶_116_F野生型位点；所述SEQ ID No.79和SEQ ID No.83所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶F116Y突变型位点；所述SEQ ID No.80和SEQ ID No.84所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶_181_Y野生型位点；所述SEQ ID No.81和SEQ ID No.85所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶Y181C突变型位点；所述SEQ ID No.86和SEQ ID No.90所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶_184_M野生型位点；所述SEQ ID No.87和SEQ ID No.91所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶M184V突变型位点；所述SEQ ID No.88和SEQ ID No.92所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶M184I突变型位点；所述SEQ ID No.89和SEQ ID No.93所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶_190_G野生型位点；所述SEQ ID No.94和SEQ ID No.98所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶_188_Y野生型位点；所述SEQ ID No.95、SEQ ID No.96、SEQ ID No.99和SEQ ID No.100所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶Y188L突变型位点；所述SEQ ID No.97所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶G190A突变型位点；所述SEQ ID No.101所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶G190S突变型位点；所述SEQ ID No.102、SEQ ID No.103、SEQ ID No.104、SEQ ID No.106SEQ ID No.107和SEQ ID No.108所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶_210_L野生型位点；所述SEQ ID No.105和SEQ ID No.109所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶L210W突变型位点；所述SEQ ID No.110和SEQ ID No.111所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶_215_T野生型位点；所述SEQ ID No.112所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶T215Y突变型位点；所述SEQ ID No.113所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶T215F突变型位点；所述SEQ ID No.114和SEQ ID No.115所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶_179_V野生型位点；所述SEQ ID No.116所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶V179D突变型位点；所述SEQ ID No.117所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶_219_K野生型位点；所述SEQ ID No.118所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶K219Q突变型位点；所述SEQ ID No.119所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶K219E突变型位点；所述SEQ ID No.120所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶_221_H野生型位点；所述SEQ ID No.121和SEQ ID No.122所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶_227_F野生型位点；所述SEQ ID No.123所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶F227L突变型位点；所述SEQ ID No.124和SEQ ID No.126所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶H221Y突变型位点；所述SEQ ID No.125所示的寡核苷酸探针序列检测HIV‑1逆转录酶_221_H野生型位点；所述HIV‑1逆转录酶的野生型位点为不耐HIV‑1逆转录酶抑制剂的位点；所述HIV‑1逆转录酶的突变型位点为耐HIV‑1逆转录酶抑制剂的位点；所述野生型位点中，数字代表氨基酸的位置，数字后面的字母表示此位置的氨基酸残基种类；所述突变型位点中，中间的数字代表突变氨基酸的位置，数字前面的字母表示此位置氨基酸突变前的氨基酸残基种类，数字后面的字母表示此位置氨基酸突变后的氨基酸残基种类。