用于SNP分析和基因组测序的系统和方法

摘要

本发明涉及用于SNP分析和基因组测序的系统和方法。在一个实施方案中，包含处理器和存储可由处理器执行的指令的存储器的系统创建核酸序列的索引。该索引包含多个元素。每个元素对应于核酸序列的排列。接收代表核酸序列的数据。在数据中在核酸序列的第一位置鉴定该核酸序列的子序列。计算子序列的散列以确定索引的相应元素。将反映第一位置的位置数据存储于索引的相应元素中。

主权项

一种用于创建核酸序列的索引(index)的系统，其包含：处理器；和存储可由所述处理器执行的指令的存储器，所述指令用于：生成所述索引，其中所述索引包含多个元素(element)，且每个元素对应于所述核酸序列的排列(permutation)；接收代表所述核酸序列的数据；在所述数据中鉴定所述核酸序列的子序列，其中从所述核酸序列的第一位置检索(retrieve)所述子序列；计算所述子序列的散列(hash)以确定所述索引的相应元素；并在所述索引的相应元素中存储反映所述第一位置的位置数据。