通过序列分析监测状况的方法

摘要

通过序列分析监测状况的方法。需要用于确定患病(包括自身免疫病和癌症)患者的诊断和预后的改进的方法。本发明提供利用DNA测序鉴别自身免疫病和其它疾病患者的个体化生物标志物的方法。鉴别的生物标志物可以用来确定患有自身免疫病或其它疾病的受试者的疾病状态。

主权项

一种确定T细胞和/或B细胞中的重组DNA序列谱的方法，包括：a.获得包含T细胞和/或B细胞的样品；b.从所述细胞空间上分离核酸的个体分子，这通过在用来转化细菌的载体中亚克隆所述核酸，在固体支持体上两维地分离所述核酸，在含有微团的溶液中三维地分离所述核酸，或利用微反应室分离所述核酸来进行；c.对所述空间上分离的核酸的个体分子通过使用可逆终止的标记核苷酸的合成测序、焦磷酸测序、454测序、与标记寡核苷酸探针文库的等位基因特异性杂交、使用与标记克隆文库的等位基因特异性杂交随后进行连接的合成测序、在聚合步骤过程中掺入标记的核苷酸的实时监测、聚合酶群落测序和SOLiD测序进行测序以提供至少1000个阅读、至少10,000个阅读、至少100,000个阅读、至少1,000,000个阅读，每个阅读包含至少30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、150、200、250、300、350、400、450、500、550或600bP；和d.确定来自所述样品的不同序列的水平，以产生所述重组DNA序列谱。