ポリマー単位を含むポリマーの解析

摘要

ポリマー、例えば、ＤＮＡのポリマー単位の配列（３）が、前記ポリマーに関係する測定の少なくとも１つのシリーズ、例えば、ナノポア中を通る移行の関数としてのイオン電流から推定され（１）、それぞれの測定の値が、ｋポリマー単位のグループであるｋマーに依拠している（４）。可能なｋマーのセットについて、起点ｋマーから目的地ｋマーまでの遷移の可能性を表す遷移重み付け、およびそのｋマーについての所与の測定値を観測する可能性を表すそれぞれのｋマーに関する放出重み付けを含む、確率的モデル、特に隠れマルコフモデル（ＨＭＭ）が提供される。モデルを参照する解析技法、例えば、ビタビ復号を使用して、測定のシリーズを解析し、測定のシリーズがポリマー単位の配列により生み出されるというモデルにより予測される尤度に基づいて、ポリマー中のポリマー単位の少なくとも１つの推定された配列を推定する。追加の実施形態では、ポリマー単位の分解を改善するために、移行中に異なる電圧がナノポアを横断して印加される。